Yang Dream, Long Road

摘要： 不管在R 还是python中，都有现成的函数来轻而易举地进行全排列（Permutation）、无序排列等等。今天想要尝试一下使用自己写代码来实现全排列。首先，我采用的算法如下：对于一个数列 i.e. 1，2，3，4 想要进行全排列：在第一个位置可以放入1 ，2，3，4如果第一个位置为1， 第二个位置则 只能放 2,3,4 ...如果第一、二个位置为1，2， 第三个位置只能放3 or 4 大致思路：第一次：[[1],[2],[3],[4]]第二次：[[[1],[2]],[[1],[3]],[[1],[4]],...]第三次：[[[1],[2],[3]],[[1],[2],[4]],[[1],[. 阅读全文

摘要： 不知道为什么重装一次ubuntu后无法自动挂载优盘，只好手动：sudo mount /dev/sdb1 /media/YCC_FD/注意，这里优盘是sdb 而非sda查找自己优盘在什么地方，可以在插入前后检查：ls /dev/ |grep sd发现不同的区域则是优盘的区域！我的机子上面是sdb1 阅读全文

摘要： First, we need to find a "Rprofile" document.locate RprofileThen we find Rprofile document and open it and then edit it:we must find a code block start with "first":.First.sys <- function(){library(scales) ###We can insert the packages we want to load when R starts here!!!for( 阅读全文

摘要： 发现这种结构很实用：while True: expression .... if condition: expression break 好吧，我承认我是菜鸟～ 阅读全文

摘要： 最近刚刚开始学python的OOP，感觉不太适应。一些很简单的程序也卡了好半天才能调好～其中的一个错误是：将两个不同的类的方法互相调用，结果走进死循环～另外就是debug的时候，不要在那里空空地望着代码，空想。要拿起纸和笔进行分析，看看自己哪里做的不对，怎样改进！ 阅读全文

摘要： Today I also used Sed to do some relatively complex job. So I used regular expression. However, the expression in Sed is a little bit different from normal Regexp, especially the "(". There is no need to write it as "\(", the solely "(" is OK!#!/bin/bashcd /Volumes/Maci 阅读全文

摘要： sed最常用的用法莫过于替换文件，然而其默认的模式是直接输出在shell中sed 's/Old/New/' My_File.txt如果我们想要sed直接在文件中更改，只需要在sed后面添加 -i 或 -ig即可sed -i 's/Old/New' My_File.txt在mac中需要添加 -ig才能够执行～ anyway，很简单的，试一下就好了～ 阅读全文

摘要： 从今年起开始学习python，最开始是听得MIT的那门公开课，然后又看了一本入门的书籍。但是总是没有觉得python很好用。可能的原因现在想起来是：IDE始终找不到顺手的，另外R用得太舒服了～anyway，最近两天终于感觉有所突破，真的是一种突跃的感觉，非常好！原因嘛，第一，确定Eclipse为IDE，但是没有adjust过的Eclipse并不好用，最近把Eclipse调整了一下，熟悉了一下，发现真的非常棒！第二，列表解析的掌握：之前总是不喜欢列表解析，觉得很难理解，最近忽然 理解了～ 而且越发地觉得好用。使用列表解析的一个非常大的好处就是：R中使用的是向量化运算，而python中没有向量化的 阅读全文

摘要： 之前一直使用eclipse中默认的console。但是这个console并不是interactive的，如果数据比较小的时候还行，数据量一旦很大，则每次调试都需要重新再跑一遍程序，从而浪费很多时间。终于发现pydev还有interactive console的mode。在console端有一个 添加console的选项，点击选择pydev console，即打开了一个console，可以往里面随便敲入命令。而若想将脚本导入该console只需：ctrl + alt + enter若只想导入部分脚本，则选择上该部分脚本，重复ctrl + alt + enter 即可。非常方便！plus，ecli 阅读全文

摘要： 两种RNA seq的基因表达量计算方法：1. RPKM：http://www.plob.org/2011/10/24/294.html2. RSEM：这个是TCGAdata中使用的。RSEM据说比RPKM更有优势。anyway，原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM，现在不需要了~：） 阅读全文