摘要： 接前一篇： 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median 归一化是从normalization翻译过来的。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较，消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源于样品制备，点样，杂交过程，杂交信号处理等。 归一化的方法有很多，对于寡聚核苷酸芯片（单通道，以Affymetrix为代表）和cDNA芯片（双通道，红绿染... 阅读全文

摘要： 接前一篇： http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html 我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值，经过缺失值填充后，每个基因都有3个可用值。 这一步很简单，就是取这3个值的中位数，即median。 方法很多，在excel中可以用median函数; 在R中以下代码进行操作： get_media... 阅读全文

摘要： 以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载，这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究，样本是20个蝴蝶个体，其中10个是当地固有个体(old)，另外10个是新迁入的个体(new)，old和new个体两两随机配对，分别用不同颜色染料（波长分别为555和647nm）标记后，在同一张基因芯片上杂交；此外，每个基因在每张芯片上都重复点样3次，因此此数据是有3个replicates及10张芯片的双通道芯片。数据是样点的信号强度值，没有经过标准化处理的。拿到数据你会看到许多”NA”，这 阅读全文

摘要： R是开源的统计计算和作图语言，与S语言很相似。R的语法与其他语言很相似，功能很强大，可以到这里看看截图。主页是 http://www.r-project.org/ 可以点击这里下载R，这里有很权威的英文教程。本站提供几本中文教程(pdf)的打包下载，更多的随便搜索一下就可以找到。 BioConductor是建立在R语言环境上的生物芯片数据和基因组数据分析软件包，主页是 http://www... 阅读全文

摘要： bioconductor 包的安装安装R，并启动R。 > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite() Using R version 2.10.0 (R-devel), biocinstall version ... 阅读全文

摘要： R语言数据储存与读取 1 首先用getwd() 获得当前目录，用setwd("C:/data")设定当前目录 2 数据保存 创建数据框d >d <- data.frame(obs = c(1, 2, 3), treat = c("A", "B", "A"), weight = c(2.3, NA, 阅读全文

摘要： word 2003中无格式粘贴的设置方法 打开Word窗口，依次点击“工具/宏/Visual Basic编辑器”， 打开“Microsoft visual Basic”窗口，在左侧“工程”栏选中“Normal”选项，点击“插入/模块”选项打开一个模块窗口， 输入以下代码： Sub 无格式粘贴() Selection.PasteAndFormat(wdForma... 阅读全文

摘要： 勤奋在科研中究竟有多重要？我的回答是：重要，也不重要。 成功需要坚持木桶理论，每块板都很重要，但每根板又有特性区别。相对于其他行业，你若想在生物医学领域有所建树，勤奋这块板就相当于那个木桶底板，没了它，其他板再好再结实也没有用。但除此之外，其他因素也很重要，比如眼光。如果拿跑步来比喻，眼光就是跑的方向，勤奋就是跑的速度和时间。方向如果选择正确的话，越勤奋越能领先别人到达终点，但方向如果错误的话，... 阅读全文

摘要： 一、什么是大型网站运维? 首先明确一下，全文所讲的”运维“是指：大型网站运维，与其它运维的区别还是蛮大的；然后我们再对大型网站与小型网站进行范围定义，此定义主要从运维复杂性角度考虑，如网站规范、知名度、服务器量级、pv量等考虑，其它因素不是重点；因此，我们先定义服务器规模大于1000台，pv每天至少上亿（至少国内排名前10），如sina、baidu、QQ，51.com等等；其它小型网站可能没有... 阅读全文

摘要： 随着中国大型IT企业信息化速度的加快，大部分应用的数据量和访问量都急剧增加，大型企业网站正面临性能和高数据访问量的压力，而且对存储、安全以及信息检索等等方面都提出了更高的要求…… 本文中，我想通过几个国外大型IT企业及网站的成功案例，从Web技术人员角度探讨如何积极地应对国内大型网站即将面临的扩展（主要是技术方面，而较少涉及管理及营销等方面）矛盾。一、 国外大型IT网站的成功之道 MySpace 今天，MySpace已经成为全球众口皆碑的社区网站之王。尽管一流和营销和管理经验自然是每个IT企业取得成功的首要因素，但是本节中我们却抛弃这一点，而主要着眼于探讨在数次面临系统扩张的紧急关头MySp. 阅读全文