emanlee - 博客园

2021年6月22日

摘要： # 获取操作符[[的帮助 ?`[[` 相同点：两者作用都是“提取”，当从一个向量或矩阵中提取第3个元素时，两者结果相同！ > aaa<-c(1,2,3,4,5) > aaa[3] [1] 3 > aaa[[3]] [1] 3 不同点：当数据不是一个list时，情况就不同了。 [] extract 阅读全文

posted @ 2021-06-22 22:19 emanlee 阅读(4343) 评论(0) 推荐(0)

BiocManager::install("stringi",ask = F,update = F)

摘要： > BiocManager::install("stringi",ask = F,update = F) 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details 阅读全文

posted @ 2021-06-22 20:00 emanlee 阅读(552) 评论(0) 推荐(0)

R There are binary versions available but the source versions are later

摘要： There are binary versions available but the source versions are later: binary source needs_compilation xfun 0.22 0.24 TRUE tinytex 0.31 0.32 FALSE rma 阅读全文

posted @ 2021-06-22 19:42 emanlee 阅读(315) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月16日

查看 R 的变量的数据类型

摘要： dim(t1) attributes(t1) #综合输出所有行名、列名、以及class结果。 str(t1) #显示每个变量的行列数和类型 class(t1) #查看变量类型，vector、data.frame、matrix、factor、listmode(t1) #查看数据大类，character 阅读全文

posted @ 2021-06-16 20:42 emanlee 阅读(7499) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月15日

R 语言安装包出现错误（最难解决的问题）

摘要： In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos, : installation of package ‘tinytex’ had non-zero exit status Error in loadNames 阅读全文

posted @ 2021-06-15 20:33 emanlee 阅读(7623) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月14日

PCA FactoMineR 绘图

摘要： install.packages('FactoMineR') install.packages('factoextra') library("FactoMineR") library("factoextra") 阅读全文

posted @ 2021-06-14 18:12 emanlee 阅读(304) 评论(0) 推荐(0)

R语言绘制热图 pheatmap

摘要： pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写，简单地来说，一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。常用参数介绍基础设置main 图的名字file 要保存图的名字color 表示颜色，赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性，选择“绿，黑，红”渐变，分为100个等级,，例：阅读全文

posted @ 2021-06-14 17:10 emanlee 阅读(1985) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月13日

edgeR的使用

摘要： edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。安装edgeR 先启动R，然后运行下面代码：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE 阅读全文

posted @ 2021-06-13 22:25 emanlee 阅读(1518) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序相关资源

摘要： RNA的表达水平矩阵稀疏把reads比对到基因组，然后计算比对到基因上的read count。发现表达矩阵十分稀疏。 RNA的表达水平填补问题：相对于bulk转录组测序，单细胞测序具有更高的噪声水平。单细胞测序时，有些基因表达量较低而无法完全被检测到，这种由技术造成的检测基因表达数据不真实的情阅读全文

posted @ 2021-06-13 10:14 emanlee 阅读(225) 评论(0) 推荐(0)

2021年6月12日

R dataframe 筛选

摘要： # 筛选第1,2,3列 df[,c(1:2,3)] 1、查询某一行或某一列可通过 data.frame[行号,] 或者 data.frame[,列号] 操作完成其中 data.frame[行号,] 得到的类型是数据框而 data.frame[,列号] 得到的类型是该列的类型 # 查询某一行或某阅读全文

posted @ 2021-06-12 21:16 emanlee 阅读(2877) 评论(0) 推荐(1)