Pix2Pix项目记录(完结)

----------------------------------------------------------------类似CycleGAN---------------------------------------------------------------
项目地址:有了之前cycleGAN的铺垫,上手很快

服务器54

踩坑

  • wandb:connection error ——> 切换至 offline 模式wandb offline ——> 有网络的地方sync一下wandb sync ./wandb/offline-run-xxxxxxx(时间较长,耐心等待便可)
  • 服务器没网的时候通通用offline模式

数据准备

转.nii.gz💿MultiLabel
整理数据🔗ChatGPT
查看数据🔍ITK-SNAP,更具体的可以统计一下resolution和shape

  • 数据清洗
    • case脱敏,按照顺序进行排列
    • 挑出source_domain和target_domain的3D数据(这部分可以跟医生核实,例如,在作者的项目中,发现转换后的.nii.gz文件包含关键词"Cor"&"CubeSTIR"&"src",据此选出打药前后的被试数据)
    • 必要时修改数据名称,最好是按照顺序进行排列
  • 数据检查
    • 检查分辨率和图像大小(例如,在作者的项目中,发现两例数据在打药前后的扫描层数不一致,但分辨率一致),据此可以更好地筛选训练数据
  • 数据预处理
    • python nii2png.py

准备2D/3D数据

  • 2D(与CycleGAN略有不同)
    • 目标:把源域图像和目标域图像拼接成一张图像
    • 方法(官网):python datasets/combine_A_and_B.py --fold_A /path/to/data/A --fold_B /path/to/data/B --fold_AB /path/to/data
    • 数据位置:


    • 拼接命令:python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/combine_A_and_B.py --fold_A /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/A --fold_B /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/B --fold_AB /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/AB/
    • 拼接完成:
    • 交叉验证的话:
  • 3D(暂无)

训练

  • 2D(可能因为网络参数少的关系,bs可以设很大)
    python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/train.py --dataroot /homes/xchang/Data/HuaShan_SpinalNerve_Generation/tranlation/2d/8bit/AB/ --name HuaShan_SpinalNerve_Generation --update_html_freq 1 --model pix2pix --n_epochs 100 --n_epochs_decay 100 --direction AtoB --seed 1995 --input_nc 1 --output_nc 1 --batch_size 256 --preprocess none --gpu_ids 2 #--use_wandb >> train_202401021850
  • 3D(暂无)

测试

  • 2D
    python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/test.py --dataroot /homes/xchang/Data/HuaShan_SpinalNerve_Generation/tranlation/2d/8bit/AB/ --name HuaShan_SpinalNerve_Generation_inference --model pix2pix --direction AtoB --seed 1995 --input_nc 1 --output_nc 1 --no_dropout --preprocess none --gpu_ids 2 --num_test 422 #--use_wandb >> train_test_20231010
  • 3D(暂无)

评价:根据项目进行选择(SSIM, PSNR等)

posted @ 2024-07-22 18:41  Elina-Chang  阅读(112)  评论(0)    收藏  举报