Pix2Pix项目记录（完结）

----------------------------------------------------------------类似CycleGAN---------------------------------------------------------------
项目地址：有了之前cycleGAN的铺垫，上手很快

服务器54

踩坑

• wandb：connection error ——> 切换至 offline 模式wandb offline ——> 有网络的地方sync一下wandb sync ./wandb/offline-run-xxxxxxx（时间较长，耐心等待便可）
• 服务器没网的时候通通用offline模式

数据准备

转.nii.gz💿MultiLabel
整理数据🔗ChatGPT
查看数据🔍ITK-SNAP，更具体的可以统计一下resolution和shape

• 数据清洗
  • case脱敏，按照顺序进行排列
  • 挑出source_domain和target_domain的3D数据（这部分可以跟医生核实，例如，在作者的项目中，发现转换后的.nii.gz文件包含关键词"Cor"&"CubeSTIR"&"src"，据此选出打药前后的被试数据）
  • 必要时修改数据名称，最好是按照顺序进行排列
• 数据检查
  • 检查分辨率和图像大小（例如，在作者的项目中，发现两例数据在打药前后的扫描层数不一致，但分辨率一致），据此可以更好地筛选训练数据
• 数据预处理
  • python nii2png.py

准备2D/3D数据

• 2D(与CycleGAN略有不同)
  • 目标：把源域图像和目标域图像拼接成一张图像
    
  • 方法(官网)：python datasets/combine_A_and_B.py --fold_A /path/to/data/A --fold_B /path/to/data/B --fold_AB /path/to/data
    
  • 数据位置：
    
    
    
  • 拼接命令：python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/combine_A_and_B.py --fold_A /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/A --fold_B /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/B --fold_AB /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/datasets/HuaShan_SpinalNerve/ALL/AB/
  • 拼接完成：
    
  • 交叉验证的话：
    
• 3D（暂无）

训练

• 2D(可能因为网络参数少的关系，bs可以设很大)
  python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/train.py --dataroot /homes/xchang/Data/HuaShan_SpinalNerve_Generation/tranlation/2d/8bit/AB/ --name HuaShan_SpinalNerve_Generation --update_html_freq 1 --model pix2pix --n_epochs 100 --n_epochs_decay 100 --direction AtoB --seed 1995 --input_nc 1 --output_nc 1 --batch_size 256 --preprocess none --gpu_ids 2 #--use_wandb >> train_202401021850
• 3D（暂无）

测试

• 2D
  python /homes/xchang/Projects/Done/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix-master/generate_image/test.py --dataroot /homes/xchang/Data/HuaShan_SpinalNerve_Generation/tranlation/2d/8bit/AB/ --name HuaShan_SpinalNerve_Generation_inference --model pix2pix --direction AtoB --seed 1995 --input_nc 1 --output_nc 1 --no_dropout --preprocess none --gpu_ids 2 --num_test 422 #--use_wandb >> train_test_20231010
• 3D（暂无）

评价：根据项目进行选择（SSIM, PSNR等）