下一步应该就开始学习chemshell了。今天记录一下了解:

chemshell相当于一个平台。
QM/MM的计算是对QM区域和MM区域同时进行计算的,DL-POLY和高斯之间可能没有给对方留接口,意思就是你想用高斯算QM,想用DL-POLY算MM是行不通的,也就是说DL-POLY和高斯不能同时使用,不能同时对QM/MM进行计算。这个时候,chemshell的出现,解决了这个问题。chemshell作为一个平台,对高斯有接口(可以调用高斯),对DL-POLY也有接口,在计算QM/MM的时候,chemshell会同时调用高斯来对QM进行计算,以及调用DL-POLY对MM进行计算。

 

Tutorial的chemshell官方网站:

http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/chemshell/manual/

http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/chemshell/tutorial/

 

好像似乎有点难度。后续再记录。

说说最近做的一些事:

solvation这一步需要做五次,加水、跑平衡、加水、跑平衡。。。。每次加水是越加越少的。不知道为什么,不过我觉得这是很科学的。虽然文件一样,但是之后也是不断优化不断加水吧。

最后一个平衡就用于加离子(neutralizing),使之中性化。加离子时需要用到一个addions.str的文件,需要读取。加完之后离子就在表面。

离子加完之后就需要跑一个优化,也要加热300k,然后再做一个中心原子外30A的优化,选定好QM区域。