摘要：
env_name这是一个文件夹，在envs里面有：home/sc52174/anaconda3/envs 阅读全文
2020年8月16日2020年7月22日
摘要：
从端午节到现在，我的课题研究工作几乎是白做了。原因是QM Region选错了。选错的原因是肽键断裂那里。注意要是C-C键断裂，而不是C-N键断裂。所以选QM区要十分注意。 还有就是很基础的事1bohr=0.5292A。所以固定优化时那个值还是要改变，注意细节。 也是有点内疚。导师告诉我要多思考，思绪 阅读全文
2020年7月14日
摘要：
它这个类似charmm里的prm。不过这个Rosetta可以自动帮你生成prm。 1、从pdb中获得配体。（这一步我不是很会，不过可以用高斯view进行一个结构优化得到配体） 2、进行加H步骤，实际上就是H优化，这一步也是可以用高斯来进行，直接优化结构。 3、使用molfile—to—param.p 阅读全文
2020年7月12日
摘要：
今天安装一天的pymol，其实问题就在于自己python版本用得太高了。一定要匹配。 安装教程来源于知乎 要提前具有Anaconda、python3.6和对应3.6的pymol-win-cp36.whl 中间用windowspower shell来运行。 以后还是想在linux上做东西。 所以下次有 阅读全文
2020年7月11日
摘要：
#chemshell creation# creation之后就是将control文件正常修改，然后将chm文件的read control这里修改为yes。 修改完之后将control、alpha、beta文件一并放入新的文件夹，再次进行chm的运行，这次就直接读取自旋和轨道等等，可以适当检查一下文 阅读全文
2020年7月3日
摘要：
上周组会恰好谈到同位素效应，我记录一下KIE的认识，后续再将文献中的KIE知识补充进来。 定义： KIE的分类: 研究意义： 阅读全文
2020年6月30日
摘要：
先建立creation.chm文件，然后修改的时候你会知道需要编辑一个inp文件，inp文件是用charmm读取的，脚本还是charmm。名字要都改过来。脚本其他的就不用改了。重新建立的文件夹如下图： 其中.c、.etcl、save_三个文件是输出的。 在这里需要将四个文件放入主目录读取：prm、r 阅读全文
2020年6月26日
摘要：
下一步应该就开始学习chemshell了。今天记录一下了解： chemshell相当于一个平台。 QM/MM的计算是对QM区域和MM区域同时进行计算的，DL-POLY和高斯之间可能没有给对方留接口，意思就是你想用高斯算QM，想用DL-POLY算MM是行不通的，也就是说DL-POLY和高斯不能同时使用 阅读全文
2020年6月17日
摘要：
嗯，感觉自己相对于同组的Taip Zhou同学落后了好多。老师叫我们两个同时学习Rosetta，但是我没有深入去学，学到的也都是一些片面的东西。不得不说，我自己的学习能力确实没有提高太多。还是停留在大二的阶段。需要提高。后面还得多花时间补回来。“学如逆水行舟，不进则退”。 关于Rosetta的几个b 阅读全文
2020年6月15日
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最近几天setup已经成功了。说说mini、solvation和equilibrium minimization是能量最小化，运行之后相比于之前H的坐标发生改变，达到能量最小的状态。但是我的经历总是那么不顺。mini之后我的首尾出问题了，原子之间夹在一起。 导师叫我改了一下inp：define he 阅读全文
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