2023年8月30日
MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
摘要： MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08） 本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列表的形式传入一些手动定义的内容，直接构建一个Molecule。有了最基础的分子系统之后，后面就可以开始定义一些能量项和迭代器，开始分子动力学模拟。 阅读全文
posted @ 2023-08-30 16:53 DECHIN 阅读(608) 评论(0) 推荐(0)