Dechin的博客

摘要： 这篇文章介绍了Python-Cython-C三种语言的简单耦合，以Cython为中间接口，实现Python数据传到C语言的后端执行相关计算。这就相当于可以在Python中调用C语言中的指针功能来进行跨维度的数组运算，至于性能依然存在优化空间，这里仅仅做一个简单的功能演示。 阅读全文

摘要： 本文介绍了一下使用Cython对Python/Numpy实现的函数进行加速的一个简单案例，模型使用的是一个弹性系数全同的谐振势，然后计算总势能。从计算结果来看，使用Cython确实可以获得更接近于C语言的速度，并且编程逻辑还可以大幅的保留Python的语法。 阅读全文

摘要： 接上一篇介绍Linux下安装和使用免费版本的PyMol之后，这里再介绍一下Windows系统下的安装方法。同时在本文中列举了一些在PyMol中有可能使用到的脚本指令，例如设置球体模型的大小、设置表面模型的透明度、平移分子和批量执行脚本等操作。 阅读全文

摘要： 本文介绍了Python编程语言中关于for循环和if条件控制的一些基本使用。包含了单层循环的退出机制和多层循环的退出机制，使得我们在满足特定条件时，可以直接结束多层循环。 阅读全文

摘要： 这篇文章介绍了新版Pypi上传Python编译后的whl包的操作流程，主要内容为登录设置双因子认证，以及获取API Token并使用token上传whl包的方法。 阅读全文

摘要： 这里我提供了一个用于画拉氏图的Python脚本源代码，供大家免费使用。虽然现在也有很多免费的平台和工具可以用，但很多都是黑箱，有需要的开发者可以直接在这个脚本基础上二次开发，定制自己的拉氏图绘制方法。 阅读全文

摘要： 本文介绍了一个在使用Cython进行Python高性能编程时有可能遇到的一个问题，就是找不到的对应的C语言的头文件，例如numpy中的一些头文件。解决思路就是先在本地找到相应的头文件路径，然后将其添加到编译器的环境变量中即可。 阅读全文

摘要： 本文介绍了一个通过配置环境变量的方法，解决Win11系统下安装分子可视化软件VMD时出现的界面闪退问题。 阅读全文

摘要： 本文介绍了一个在Win11系统下，通过WSL2+Docker+VSCode的方案搭建了一个mindspore-gpu的编程环境。这种方案既可以实现Linux系统编程以及部署的便捷性，又可以兼顾Windows系统强大的办公软件生态，甚至还可以借助Docker达到一定的软件可迁移性和可复制性。 阅读全文

摘要： 随着硬件算力的发展，以及AI技术的日益增进，我们不仅可以借助深度学习框架来加速分子动力学模拟，以及降低分子模拟开发的门槛。还可以实现高通量模拟，使得用最小的开销并行的运行多个分子模拟成为可能。 阅读全文

摘要： 本文是一个比较泛的分子体系控制器实现方案，因为MindSponge分子动力学模拟框架基于Python编程语言和MindSpore框架开发，因此在高度定制化的控制器实现上有先天的优势。我们可以在MindSponge中基于力对体系进行控制、基于坐标对体系进行控制，还能基于反应坐标对体系进行控制。 阅读全文

摘要： 在一维空间下，我们要表示密度时可以给出一个二维的函数y=f(x)，画出来是一条二维平面上的曲线。在二维空间下，我们要表示密度可以使用一个三维的函数z=f(x,y)，画出来是一个三维空间的曲面。而三维空间下，密度表示是一个四维的函数：q=f(x,y,z)，这个密度我们在三维空间已经没有办法用线或者面去表示，只能用体积元的颜色来表示。但是我们可以把这个密度投影到一个三维的等高曲面上，这个曲面就称为等高面。本文介绍了一个python中性能比较好的画等高面的工具：Plotly。 阅读全文

摘要： 本文介绍了一款可用在Ubuntu操作系统下播放本地视频（如mp4格式）的软件：VLC，可用使用apt直接安装。 阅读全文

摘要： 这篇文章主要介绍了mindspore深度学习框架中基于InsertGradientOf算子的进阶梯度操作。InsertGradientOf算子的功能跟此前介绍过的bprop功能有些类似，也是自定义梯度，但bprop更倾向于计算梯度，而InsertGradientOf算子更倾向于修改梯度，这里介绍了一些比较详细的测试案例。 阅读全文

摘要： 本文介绍了在MindSponge分子动力学模拟框架先实现自定义Controller控制器的方法，通过调控体系中的原子坐标和原子速度等，来控制系综的参量。MindSponge分子模拟框架基于MindSpore深度学习框架开发而成，对于开发者尤其是深度学习开发者来说，非常的友好。 阅读全文