2022年3月8日
分子动力学模拟之SETTLE约束算法
摘要： 分子动力学模拟之SETTLE约束算法 继上一篇文章介绍了分子动力学模拟中常用的LINCS约束算法之后，本文再介绍一种SETTLE约束算法，及其基于Jax的实现方案。LINCS约束算法相对来说比较通用，更适合于成键关系比较复杂的通用的体系，而SETTLE算法更加适用于三原子轴对称体系，比如水分子。SETTLE算法结合velocity-verlet算法，可以确保一个分子只进行整体的旋转运动，互相之间的距离又保持不变。比较关键的是，SETTLE算法所依赖的参数较少，也不需要微分，因此在性能上十分有优势。 阅读全文
posted @ 2022-03-08 09:05 DECHIN 阅读(1223) 评论(0) 推荐(0)