摘要： 
本文给出了一个在Edge浏览器中配置深色背景的方案（参考文章中的进阶方案已经失效）。不仅可以使得浏览器的边框变成深色的，也可以改变网页显示时的颜色。 阅读全文
本文给出了一个在Edge浏览器中配置深色背景的方案（参考文章中的进阶方案已经失效）。不仅可以使得浏览器的边框变成深色的，也可以改变网页显示时的颜色。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了一种在Python中将Numpy数组转存为一个紧凑的二进制格式的文件，及其使用内存映射的形式进行读取的方案。一个二进制的数据流，不仅可以更加方便页形式的内存映射，相比于传统的Numpy单精度浮点数数组还有一个可哈希的特性。总体来说是一个对于高性能计算十分友好的存储格式，在cudaSPONGE中作为一个分子动力学模拟轨迹输出的格式使用。 阅读全文
本文介绍了一种在Python中将Numpy数组转存为一个紧凑的二进制格式的文件，及其使用内存映射的形式进行读取的方案。一个二进制的数据流，不仅可以更加方便页形式的内存映射，相比于传统的Numpy单精度浮点数数组还有一个可哈希的特性。总体来说是一个对于高性能计算十分友好的存储格式，在cudaSPONGE中作为一个分子动力学模拟轨迹输出的格式使用。 阅读全文
摘要： 
在开源Python项目中，如果使用到了Cython或者CUDA C++等需要编译的后端技术，那么要传到pypi上就需要经过一个PEP标准的审查。要通过审查，就要经过多个版本的Python的构建，以及auditwheel修复的过程。本文解决了一个auditwheel修复过程中有可能出现的rpath路径索引问题。 阅读全文
在开源Python项目中，如果使用到了Cython或者CUDA C++等需要编译的后端技术，那么要传到pypi上就需要经过一个PEP标准的审查。要通过审查，就要经过多个版本的Python的构建，以及auditwheel修复的过程。本文解决了一个auditwheel修复过程中有可能出现的rpath路径索引问题。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了基于Python的分布式框架Ray的基本安装与使用。Ray框架下不仅可以通过conda和Python十分方便的构建一个集群，还可以自动的对分布式任务进行并发处理，且支持GPU分布式任务的提交，极大的简化了手动分布式开发的工作量。 阅读全文
本文介绍了基于Python的分布式框架Ray的基本安装与使用。Ray框架下不仅可以通过conda和Python十分方便的构建一个集群，还可以自动的对分布式任务进行并发处理，且支持GPU分布式任务的提交，极大的简化了手动分布式开发的工作量。 阅读全文
摘要： 
如果使用Python第三方包的某一个版本有问题，而不同版本Python所对应的软件最新版本又不一致，这种情况下如何在requirements.txt文件中指定软件最高版本是非常重要的。这里根据PEP 508的规范，做了一个Numpy版本要求numpy<=1.21.6 || 1.28>numpy>=1.23的示例。 阅读全文
如果使用Python第三方包的某一个版本有问题，而不同版本Python所对应的软件最新版本又不一致，这种情况下如何在requirements.txt文件中指定软件最高版本是非常重要的。这里根据PEP 508的规范，做了一个Numpy版本要求numpy<=1.21.6 || 1.28>numpy>=1.23的示例。 阅读全文
摘要： 
分子动力学模拟是一个以时间换空间的方法，那么在时间尺度上留下轨迹之后，如何把轨迹做一个静态的展现，正是数据透视所解决的问题。CyFES是一个开源的、基于GPU硬件加速的数据透视高性能计算工具，我们通过一个蛋白-配体相互作用的运动轨迹的示例，演示一下CyFES的基本使用方法。 阅读全文
分子动力学模拟是一个以时间换空间的方法，那么在时间尺度上留下轨迹之后，如何把轨迹做一个静态的展现，正是数据透视所解决的问题。CyFES是一个开源的、基于GPU硬件加速的数据透视高性能计算工具，我们通过一个蛋白-配体相互作用的运动轨迹的示例，演示一下CyFES的基本使用方法。 阅读全文
摘要： 
对于一个纯Python的项目，从构建到发布是比较容易的。但是如果构建的轮子中含有C代码或者生成的动态链接库，那么构建发布有另外一套规则。我们需要经过manylinux平台的验证，以及动态链接库的固化等过程，还需要当心动态链接库的存放地址等信息。本文主要是提供了一个流程化的思路，具体操作对于不同的项目和平台来说差异是比较大的。 阅读全文
对于一个纯Python的项目，从构建到发布是比较容易的。但是如果构建的轮子中含有C代码或者生成的动态链接库，那么构建发布有另外一套规则。我们需要经过manylinux平台的验证，以及动态链接库的固化等过程，还需要当心动态链接库的存放地址等信息。本文主要是提供了一个流程化的思路，具体操作对于不同的项目和平台来说差异是比较大的。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了使用Docker从DockerHub上下载容器镜像时很有可能出现的网络中断的问题。默认情况下，如果Docker下载镜像的过程中被中断了，是要从头开始下载的，而且再次下载也有可能受到网络波动的影响。这里提供了一种配置docker参数文件的方法，以及在该方案不生效的情况下的手动操作方法，最后实现了docker pull的断点续传。 阅读全文
本文介绍了使用Docker从DockerHub上下载容器镜像时很有可能出现的网络中断的问题。默认情况下，如果Docker下载镜像的过程中被中断了，是要从头开始下载的，而且再次下载也有可能受到网络波动的影响。这里提供了一种配置docker参数文件的方法，以及在该方案不生效的情况下的手动操作方法，最后实现了docker pull的断点续传。 阅读全文
摘要： 
这篇文章介绍了在Cython中定义结构体，并在Python的Numpy数组/MemoryView和自定义结构体之间进行数据转换的方法。Cython有着非常Pythonic的编程范式，又具有接近于C语言的性能，对于Python开发者而言确实是一个很棒的工具。 阅读全文
这篇文章介绍了在Cython中定义结构体，并在Python的Numpy数组/MemoryView和自定义结构体之间进行数据转换的方法。Cython有着非常Pythonic的编程范式，又具有接近于C语言的性能，对于Python开发者而言确实是一个很棒的工具。 阅读全文
摘要： 
从Python接口调用GPU进行加速的方案有很多，包括Cupy和PyCuda以及之前介绍过的Numba，还可以使用MindSpore、PyTorch和Jax等成熟的深度学习框架，这里介绍了一种直接写CUDA Kernel函数的方案。为了能够做到CUDA-C和Python编程的分离，这里引入了Cython作为中间接口，这样一来Python开发者和C开发者可以去共同开发相应的高性能方法。 阅读全文
从Python接口调用GPU进行加速的方案有很多，包括Cupy和PyCuda以及之前介绍过的Numba，还可以使用MindSpore、PyTorch和Jax等成熟的深度学习框架，这里介绍了一种直接写CUDA Kernel函数的方案。为了能够做到CUDA-C和Python编程的分离，这里引入了Cython作为中间接口，这样一来Python开发者和C开发者可以去共同开发相应的高性能方法。 阅读全文
摘要： 
hdf5是一个在量子化学和分子动力学模拟中经常有可能被用到的一种数据存储格式，得益于其良好的压缩率和完整性校验，一定程度上保障了其数据/轨迹存储的可靠性。本文介绍了关于hdf5文件的两个操作：更新已有的hdf5文件中的数据内容，以及flush同步更新的方法。 阅读全文
hdf5是一个在量子化学和分子动力学模拟中经常有可能被用到的一种数据存储格式，得益于其良好的压缩率和完整性校验，一定程度上保障了其数据/轨迹存储的可靠性。本文介绍了关于hdf5文件的两个操作：更新已有的hdf5文件中的数据内容，以及flush同步更新的方法。 阅读全文
摘要： 
这篇文章介绍了Python-Cython-C三种语言的简单耦合，以Cython为中间接口，实现Python数据传到C语言的后端执行相关计算。这就相当于可以在Python中调用C语言中的指针功能来进行跨维度的数组运算，至于性能依然存在优化空间，这里仅仅做一个简单的功能演示。 阅读全文
这篇文章介绍了Python-Cython-C三种语言的简单耦合，以Cython为中间接口，实现Python数据传到C语言的后端执行相关计算。这就相当于可以在Python中调用C语言中的指针功能来进行跨维度的数组运算，至于性能依然存在优化空间，这里仅仅做一个简单的功能演示。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了一下使用Cython对Python/Numpy实现的函数进行加速的一个简单案例，模型使用的是一个弹性系数全同的谐振势，然后计算总势能。从计算结果来看，使用Cython确实可以获得更接近于C语言的速度，并且编程逻辑还可以大幅的保留Python的语法。 阅读全文
本文介绍了一下使用Cython对Python/Numpy实现的函数进行加速的一个简单案例，模型使用的是一个弹性系数全同的谐振势，然后计算总势能。从计算结果来看，使用Cython确实可以获得更接近于C语言的速度，并且编程逻辑还可以大幅的保留Python的语法。 阅读全文
摘要： 
接上一篇介绍Linux下安装和使用免费版本的PyMol之后，这里再介绍一下Windows系统下的安装方法。同时在本文中列举了一些在PyMol中有可能使用到的脚本指令，例如设置球体模型的大小、设置表面模型的透明度、平移分子和批量执行脚本等操作。 阅读全文
接上一篇介绍Linux下安装和使用免费版本的PyMol之后，这里再介绍一下Windows系统下的安装方法。同时在本文中列举了一些在PyMol中有可能使用到的脚本指令，例如设置球体模型的大小、设置表面模型的透明度、平移分子和批量执行脚本等操作。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了Python编程语言中关于for循环和if条件控制的一些基本使用。包含了单层循环的退出机制和多层循环的退出机制，使得我们在满足特定条件时，可以直接结束多层循环。 阅读全文
本文介绍了Python编程语言中关于for循环和if条件控制的一些基本使用。包含了单层循环的退出机制和多层循环的退出机制，使得我们在满足特定条件时，可以直接结束多层循环。 阅读全文