摘要：本文简单介绍了一下CudaSPONGE高性能分子动力学模拟软件，其基于原生的CUDA C开发，具有极高的模拟效率。结合前处理工具Xponge用于生成和处理输入文件，可以很好的兼容目前常用的很多力场形式。 阅读全文

摘要：本文介绍了高性能GPU分子动力学模拟软件CudaSPONGE的Python API接口，通过官方开发的prips插件，使得我们可以在Python框架下很方便的开发一些分子动力学模拟的Force Wrapper，例如Meta Dynamics中就有很多可以外界的工具，非常方便开发者的二次开发，同时又能够兼顾到性能。 阅读全文

摘要：本文探索并梳理了一下CUDA SPONGE高性能分子模拟采样软件，和PySAGES高性能增强采样软件，这两者强强联合的MD模拟新范式。 阅读全文

摘要：接前一篇关于PySAGES结合CudaSPONGE使用方法的文章，本文主要还是使用了一样的测试案例。仅通过不同的测试步长，来定性的分析PySAGES的MetaDynamics实现方案结合MD软件之后的性能数据。 阅读全文

摘要：基于CudaSPONGE高性能分子动力学模拟采样工具，和PySAGES高性能增强采样软件，我简单的封装了一个SpongeExt插件，可以用于无感结合CudaSPONGE和PySAGES进行增强采样分子动力学模拟。 阅读全文

摘要：分子动力学模拟是基于传统的分子力场，对分子构象进行不断迭代演化的一个过程。虽然计算量相比于量子化学已经缩减了很多，但是由于大型分子体系下近邻表的存在，以及PME算法本身的复杂性，所以实际上分子动力学模拟工具的计算性能，会是使用者最为关注的要点之一。SPONGE版本可以支持GPU加速的分子动力学模拟计算，凭借其极高的效率以及模块化的设计，在一众的分子模拟软件中脱颖而出。本文着重介绍SPONGE-2.0版本的安装与基本使用。 阅读全文