摘要：本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。 阅读全文

摘要：本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列表的形式传入一些手动定义的内容，直接构建一个Molecule。有了最基础的分子系统之后，后面就可以开始定义一些能量项和迭代器，开始分子动力学模拟。 阅读全文

摘要：分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore框架实现的，MindSponge分子动力学模拟框架的软件架构。 阅读全文

摘要：本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分子模拟工作。 阅读全文

摘要：在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果需要兼容旧版本的话，就需要使用到版本判断的方法。判断清楚版本号属于哪一个区间，再对不同的版本号区间采取不同的算法或者执行策略。Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。当然，需要注意的是，LooseVersion中对于输入的版本号类型还是有要求的，比如版本号中的每一位的开头必须是一个数字，版本号的每一位都不能以字母开头，否则无法进行比对。 阅读全文