corrschi - 博客园

2024年3月17日

摘要：在没有使用对应R包的状态下使用命令sessionInfo()，不会显示该R包信息在使用对应R包的状态下使用命令 sessionInfo()，会显示该 R 包及其关联 R 包的版本状态未library(ggplot2)时： sessionInfo() library(ggplot2)时： libr 阅读全文

posted @ 2024-03-17 15:22 corrschi 阅读(89) 评论(0) 推荐(0)

BiocManager安装，devtools安装

摘要： 1.BiocManager 除非指定某版本BiocManger，可不指定BioManager版本 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install() 指定BiocManger版本： if (!requ 阅读全文

posted @ 2024-03-17 15:13 corrschi 阅读(3251) 评论(0) 推荐(0)

2024年3月16日

RISmed软件包的使用（pubmed文章批量查询与获取）

摘要：特别好用的工具RISmed包：可批量查询、获取、分析pubmed的文章，它很好的对接pubmed功能，可根据MESH、title、abstract、author等进行查询。使用这个RISmed包需要先安装ggplot2，RColorBrewer，ggsci,因为在可视化的过程中需要用到。 1.R4 阅读全文

posted @ 2024-03-16 23:01 corrschi 阅读(469) 评论(0) 推荐(0)

conda安装tidyverse过程记录-包含R镜像问题总结

摘要： 1.使用conda安装tidyverse conda install -c conda-forge r-tidyverse 2.安装后R版本较旧，conda版本新安装的tidyverse较新，启动后导致tidyverse的许多依赖包版本冲突。解决问题过程中涉及R包的卸载，安装，镜像设置和重新安装加阅读全文

posted @ 2024-03-16 22:21 corrschi 阅读(1562) 评论(0) 推荐(0)

remove.packages()问题解决

摘要： 1.检查rlang是否在其他窗口被加载 2.该命令安装包处一定要加引号，不加引号会报错。解决如下： remove.packages("rlang") 3.重新安装rlang包后，注意重启R一下。如不重启，可能仍旧报错。阅读全文

posted @ 2024-03-16 21:45 corrschi 阅读(161) 评论(0) 推荐(0)

服务器端jupyter notebook映射到本地浏览器的操作【文章转自https://www.cnblogs.com/shuaihe/p/16267723.html】

摘要：这篇文章转自主要介绍了服务器端jupyter notebook映射到本地浏览器的操作，做科研经常有这样的需求：即需要借助服务器的计算资源，本地编辑的工程文件需要每次都传到服务器才能运行。jupyter是较好的交互式编辑工具，有没有一种方式可以在jupyter上编辑属于服务器的文件呢？这就引出了我们阅读全文

posted @ 2024-03-16 21:24 corrschi 阅读(240) 评论(0) 推荐(0)

conda 安装R+安装 IRkernel 包（R的Jupyter内核，可在 Jupyter Notebook 中运行 R 代码）

摘要： 1.打开命令行工具，输入以下命令，创建一个新的 conda 环境并激活： conda create -n myenv r-base==4.2.2 conda activate myenv 如碰到PackagesNotFoundError问题解决，使用以下命令，将conda-forge通道添加到通道列阅读全文

posted @ 2024-03-16 21:10 corrschi 阅读(1341) 评论(0) 推荐(0)

screen安装与使用in Linux

摘要： #1 安装 1.登录root账户 2.yum install screen #使用yum安装screen 3.测试安装是否成功： 1）安装成功后会显示complicated 2)使用screen -h或man screen测试 #2 常用命令创建新的窗口：screen -S windowname 阅读全文

posted @ 2024-03-16 20:17 corrschi 阅读(237) 评论(0) 推荐(0)

conda安装r-base时PackagesNotFoundError问题解决

摘要：使用以下命令，将conda-forge通道添加到通道列表中： conda config --append channels conda-forge 它告诉conda在搜索包时也要查看conda-forge通道。然后，就可以简单地使用conda install r-base=version了，例如阅读全文

posted @ 2024-03-16 20:04 corrschi 阅读(493) 评论(0) 推荐(0)

冬梅

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