2024年4月4日
rev:字符反向用法
摘要： aa=(1:5) rev(aa) bb=LETTER(1:5) rev(bb) 阅读全文
posted @ 2024-04-04 19:13 corrschi 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)
scRNAtoolVis包使用：UMAP, featureplot,heatmap美化
摘要： 参考原文链接： https://mp.weixin.qq.com/s/K8FHv0dxriaGxKI0efRN5g https://mp.weixin.qq.com/s/gtnYWJcUubNKT4SIldk9uQ 1.安装 devtools::install_github('junjunlab/s 阅读全文
posted @ 2024-04-04 14:31 corrschi 阅读(1813) 评论(0) 推荐(0)
2024年3月25日
anacondad的channel（可更新）
摘要： conda软件是生信环境管理重要工具，所谓安装管理全家桶。大部分的生信工具可以通过conda安装，熟练使用conda是生信学习的必备技能。 测试网络 ping www.baidu.com conda常用的源有：pkg、conda-forge等 conda config --add channels 阅读全文
posted @ 2024-03-25 10:30 corrschi 阅读(3718) 评论(0) 推荐(0)
2024年3月19日
anaconda3 | 使用中常见错误
摘要： 该篇在conda的常见错误中，非常有参考价值，为防止将来该网页信息丢失，将其copy记录下来，其原文链接等如下： 作者：生信师姐 原文链接：https://www.jianshu.com/p/4c7b9127cf83 来源：简书 著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。 阅读全文
posted @ 2024-03-19 22:25 corrschi 阅读(6248) 评论(0) 推荐(0)
2024年3月17日
conda配置源问题
摘要： 6.配置源 conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu. 阅读全文
posted @ 2024-03-17 20:42 corrschi 阅读(139) 评论(0) 推荐(0)
GEOquery安装
摘要： BiocManager::install("GEOquery") install.packages()无法安装 阅读全文
posted @ 2024-03-17 20:35 corrschi 阅读(120) 评论(0) 推荐(0)
安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler"几个R包
摘要： 安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler" bioPackages=c("DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler") #设置镜像 local({ r <- getOption( "repos" ); 阅读全文
posted @ 2024-03-17 19:04 corrschi 阅读(472) 评论(0) 推荐(0)
安装install.package("devtools")时报错 提示systemfonts，textshaping, ragg, gert依赖包安装
摘要： devtools可用conda，R的install.packages()以及wget等方式安装，这里我采用install.packages()安装，碰到systemfonts，textshaping, ragg, gert几个依赖包的安装错误。 install.package("devtools") 阅读全文
posted @ 2024-03-17 17:36 corrschi 阅读(1147) 评论(0) 推荐(0)
sessionInfo()使用技巧--是否事先library（）的影响
摘要： 在没有使用对应R包的状态下使用命令sessionInfo()，不会显示该R包信息 在使用对应R包的状态下使用命令 sessionInfo()，会显示该 R 包及其关联 R 包的版本状态 未library(ggplot2)时： sessionInfo() library(ggplot2)时： libr 阅读全文
posted @ 2024-03-17 15:22 corrschi 阅读(50) 评论(0) 推荐(0)
BiocManager安装，devtools安装
摘要： 1.BiocManager 除非指定某版本BiocManger，可不指定BioManager版本 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install() 指定BiocManger版本： if (!requ 阅读全文
posted @ 2024-03-17 15:13 corrschi 阅读(2913) 评论(0) 推荐(0)