我的随笔

R语言实现两文件对应行列字符替换(解决正负链统一的问题)

橙子牛奶糖 2018-07-13 19:31 阅读:1440 评论:0 推荐:0

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态

橙子牛奶糖 2018-07-08 14:31 阅读:2772 评论:0 推荐:0

bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件

橙子牛奶糖 2018-07-06 15:10 阅读:5735 评论:5 推荐:2

NCBI通过氨基酸位置查看相邻SNP

橙子牛奶糖 2018-06-27 20:39 阅读:887 评论:1 推荐:0

bcftools或vcftools提取指定区段或者多个指定位置的vcf文件（extract specified position ）

橙子牛奶糖 2018-06-22 14:47 阅读:20709 评论:0 推荐:0

vcf文件去除非变异的基因型（use GATK exclude nonvariant in vcf format,0|0,0/0）

橙子牛奶糖 2018-06-22 14:37 阅读:1483 评论:0 推荐:0

使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）

橙子牛奶糖 2018-06-22 10:21 阅读:12086 评论:2 推荐:0

利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

橙子牛奶糖 2018-06-20 16:38 阅读:6578 评论:0 推荐:0

ggplot2画histogram（坐标轴刻度值字体大小，坐标轴标题字体大小，柱形宽度，大标题字体大小、居中）

橙子牛奶糖 2018-06-18 17:38 阅读:20291 评论:0 推荐:1

解决samtools报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway.

橙子牛奶糖 2018-06-15 17:17 阅读:1851 评论:0 推荐:0