caicai2019 - 博客园

2019年5月1日

摘要：对fasta文件genome_test.fa中的染色体序列进行反向互补，并输出到文件genome_test_RC.fa genome_test.fa >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT 阅读全文

posted @ 2019-05-01 14:10 caicai2019 阅读(397) 评论(0) 推荐(0)

2019年4月29日

python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

摘要：读取fasta文件genome_test.fa，并计算染色体总长，同时输出最长染色体编号、序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下： >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATAT 阅读全文

posted @ 2019-04-29 17:56 caicai2019 阅读(1208) 评论(0) 推荐(0)

python学习——读取染色体长度（六：读取含有染色体长度的文件）

摘要：含有染色体长的文件chr_len.txt chr1 10chr2 20chr3 30chr4 40chr5 50 python脚本 #传递命令行参数 import sys # 导入模块 # 从命令行获取文件名称 f_chr_len = sys.argv[1] # 定义命令行参数，1表示变量1 # 打阅读全文

posted @ 2019-04-29 11:18 caicai2019 阅读(295) 评论(0) 推荐(0)

python学习——读取染色体长度（五：从命令行输入染色体长度）

摘要： # 传递命令行参数 # 导入sys模块 import sys print(sys.argv) 命令行操作 python argv.py 10 20 30 40 50 回车输出 ['argv.py', '10', '20', '30', '40', '50'] # 方法一，删掉第0个元素 del(sy 阅读全文

posted @ 2019-04-29 10:19 caicai2019 阅读(335) 评论(0) 推荐(0)

2019年4月28日

python学习——读取染色体长度（四：获取最长染色体的编号）

摘要： # 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = {'chr1':10,'chr2':20,'chr3':30,'chr4':40,'chr5':15} # 求和 total_len = sum(chr_len.values()) # 获取键用keys for chr in chr_l 阅读全文

posted @ 2019-04-28 15:01 caicai2019 阅读(435) 评论(0) 推荐(0)

python学习——读取染色体长度（三、用循环或者函数求总长并获取最长染色体长度）

摘要： # 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = [10,20,30,40,50] # 求和 # 方法一：通过循环 total_len = 0 #定义total_len的初始长度 for len in chr_len: # 从列表chr_len中每次取一个值交给len total_le 阅读全文

posted @ 2019-04-28 15:00 caicai2019 阅读(469) 评论(0) 推荐(0)

python学习——读取染色体长度（二、向前一步：通过染色体序列获得长度信息）

摘要： # 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_seq = 'ATATATATAT' chr2_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCG' chr3_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' chr4_seq = 'ATATATATATCGCG 阅读全文

posted @ 2019-04-28 14:59 caicai2019 阅读(251) 评论(0) 推荐(0)

python学习——读取染色体长度（一、简化问题）

摘要： # 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_len = 10 chr2_len = 20 chr3_len = 30 chr4_len = 40 chr5_len = 50 # 求和 total_len = chr1_len + chr2_len + chr3_len + chr4_len 阅读全文

posted @ 2019-04-28 14:57 caicai2019 阅读(235) 评论(0) 推荐(0)

2019年4月23日

R语言学习——数据合并及绘制密度分布曲线图

摘要： setwd("E:/08_cooperation/07_X-lab/06-Crosstalk/Aadapter_primer")# 读取lane01.txt,并对其按列进行相加处理，然后对列进行进行命名d1=read.table("lane01.txt",header = FALSE,sep = " 阅读全文

posted @ 2019-04-23 14:54 caicai2019 阅读(2803) 评论(0) 推荐(0)

2019年3月27日

R语言学习——图形初阶之折线图与图形参数控制

摘要： plot()是R中为对象作图的一个泛型函数（它的输出将根据所绘制对象类型的不同而变化）；plot(x,y,type="b")表示将x置于横轴，y置于纵轴，绘制点集（x，y），然后使用线段将其连接；type="b"表示同时绘制点和线，使用help(plot)可以查看其它选项。实例： > dev.ne 阅读全文

posted @ 2019-03-27 17:24 caicai2019 阅读(1901) 评论(0) 推荐(0)