摘要: 1、cd命令用于切换当前工作目录至dirName(目录参数),dirName可为绝对路径也可为相对路径,如果省略dirName,则切换至使用者的home目录。 语法 cd dirName #:cd后接空格,再接目录参数 实例进入Desktop/test 代码如下: 可以 [ FJC@localhos 阅读全文
posted @ 2019-02-02 15:28 caicai2019 阅读(164) 评论(0) 推荐(0)
  2025年10月14日
摘要: 代码示例 java -jar /mnt/zmds01/Product/bioinfo/gitlab/biobase/bin/picard.jar MarkDuplicates \ I="input.sort.bam" \ O="out_marked_dup.bam" \ M="out_dup_mer 阅读全文
posted @ 2025-10-14 11:48 caicai2019 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
  2025年9月11日
摘要: # python 临时使用清华源安装所需依赖 pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple matplotlib pandas matplotlib-venn 阅读全文
posted @ 2025-09-11 11:23 caicai2019 阅读(97) 评论(0) 推荐(0)
  2025年9月4日
摘要: 现在需要从文件“*.wgs_metrics.txt”中提取含有字符"GENOME_TERRITORY"的行及其下一行的内容,并输出至csv表格中 使用grep -A 1 ./*.wgs_metrics.txt命令可以快速提取并重定向输出至csv表格中,但其结果并不会分列,这是因为原数据是tab分割符 阅读全文
posted @ 2025-09-04 11:36 caicai2019 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)
  2025年8月10日
摘要: 通过组合find 和exec 实现 find [查找路径] [匹配条件] -exec [执行命令] \; 或 {} + 这是 find 命令的经典用法:先按条件查找文件,再对找到的文件执行指定操作。 例如 find /path -name "*.fq.gz" -exec sh -c 'for f;d 阅读全文
posted @ 2025-08-10 22:26 caicai2019 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)
  2025年7月24日
摘要: 使用INDEX和MATCH组合函数 =INDEX(A:A, MATCH(B2, B:B, 0)) A:A 表示你想要返回值的范围(整个A列)。 MATCH(B2, B:B, 0) 用于找到B2在B列中的相对位置。 0 表示精确匹配。 阅读全文
posted @ 2025-07-24 09:46 caicai2019 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)
  2025年3月5日
摘要: 1、#导入pandas模块 import pandas as pd 2、读取csv文件数据 df = pd.read_csv(file, sep=''\t) #首行作为column_index df = pd.read_csv(file, sep=''\t, header=None)#首行不作为co 阅读全文
posted @ 2025-03-05 19:50 caicai2019 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 经常需要在多个PC上运行python脚本,但又嫌麻烦在每个PC上都安装python并配置环境。这时使用pyinstaller将python脚本打包成exe软件,可以完美解决上述问题。 首先通过pip install pyinstaller安装pyinstaller包 然后通过命令行pyinstall 阅读全文
posted @ 2025-03-05 19:48 caicai2019 阅读(61) 评论(0) 推荐(0)
  2024年6月13日
摘要: 1 批处理延时 timeout /t 秒 /nobreak 例如timeout /t 30 /nobreak 表示延时30后执行下一行命令,nobreak表示不中断 2 连接多条命令 & 顺序执行多条命令,而不管命令是否执行成功 && 顺序执行多条命令,当碰到执行出错的命令后将不执行后面的命令 || 阅读全文
posted @ 2024-06-13 10:07 caicai2019 阅读(157) 评论(0) 推荐(0)
  2024年4月3日
摘要: 笔者有两文件,其中的数据结构如下,要比较两个文件中每行的最大值与次大值的比值的分布情况,通过频次分布图进行比较 #加载lib import pandas as pdimport matplotlib.pyplot as plt plt.rcParams['font.sans-serif']=['Si 阅读全文
posted @ 2024-04-03 16:59 caicai2019 阅读(146) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1、读取txt文件,并打印前10行 data = pd.read_table(input.txt) print(data.head(10)) data = pd.read_table(input.txt, header=None) 读取时加上header=None,第一行不作为column name 阅读全文
posted @ 2024-04-03 13:52 caicai2019 阅读(49) 评论(0) 推荐(0)