三代组装工具NextDenovo

 

NextDenovo是用于三代测序reads（TGS reads）的基于字符串图（string graph）的基因组从头组装程序。

 

NextDenovo包含两个核心模块：NextCorrect和NextGraph，

 

NextCorrect用于校正具有大约15％测序错误的TGS reads，

NextGraph使用校正后的reads进行基因组组装；

 

NextDenovo的优势主要体现在大型基因组的组装上，按官方的描述，就是时间短，效率高，占用资源少以及实现了超长contigs的装配。

 

编辑配置文件

correct_option，reads校正参数，传递给子模块NextCorrect用于reads纠错

assemble_option，组装参数，传递给子模块NextGraph用于reads纠错后的组装过程

 

由于测序错误的存在，每一种组装软件都不能保证拼接时碱基完全无误。即使前面有reads纠错环节，但也不能保证所有碱基都校正完全。

通常，基因组组装后的polish环节也是必需要做的，无论哪种组装软件后都要经历这一步，进一步识别基因组中的错误碱基进行校正，使基因组更可靠。polish后，不同软件的拼接结果应该就一致了。NextDenovo的开发者同样提供了工具NextPolish，可用于三代测序基因组polish。

 

参考来源：

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3406804&do=blog&id=1204832