使用FALCON对三代测序数据进行基因组组装

ALCON是PacBio公司开发的一款用于三代基因组De novo组装软件, 更适合于大基因组的组装。

 

 

FALCON的结果文件：

0-rawreads/
该目录存放对raw subreads进行overlpping分析与校正的结果；
0-rawreads/cns-runs/cns_*/*/*.fasta存放校正后的序列信息。

1-preads_ovl/
该目录存放对校正后reads进行overlapping的结果；

2-asm-falcon/
该目录是最终结果目录，主要的结果文件是p_ctg.fa和a_ctg.fa。


参考来源：http://www.chenlianfu.com/?p=2755