沉下心学习

摘要： Augustus的安装和使用参数AUGUSTUSis a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences.1. Augustus的安装Augustus下载：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/$ wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus.2.7.tar.gz $ tar zxf augustus.2.7.tar.gz $ cd augustus.2.7 $ cd src... 阅读全文

摘要： blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；2、在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型，我的机器得到下面信息：3、我们只需要第2步骤里面类似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，针对我的系统，就是x86_644、在bash 阅读全文

摘要： 一、 准备工作：1.1 系统平台：这里使用的是Ubuntu Linux 12.04 LTS 64bit 版本；1.2 Windows版本： 如果你说只有Windows，安装个虚拟机嘛推荐VirtualBox https://www.virtualbox.org/网上有相当多的图文教程比如：http://blog.csdn.net/tangyajun_168/article/details/70634481.3 BLAST 本地下载安装wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux 阅读全文

摘要： GATK使用简介 Part1/2GATK(全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很多有用的工具。网址：http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page前段时间刚发布了2.x版本的，最近几天都在不断更新，网址也搬迁到http://www.broadinstitute.org/gatk/不过目前为止原先的文档还没有全部转移过去。2.0版本有一些比较大的更新，同时增加了一些新的功能，具体内容可以参考http://gatk.vani 阅读全文

摘要： 1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD： 阅读全文

摘要： 【实验目的】1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识；2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法；3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。【实验原理】在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行比对（alignment）。 ⑵ 要构建一个进化树（phyligenetic tree）。构建进化树的 阅读全文

摘要： 接上文，虽然在win7上安装了eclipse，可以进行perl脚本的编写，但是对于生物信息学来说，用的更多的是bioperl模板，所以要在win7上安装bioperl模板。1.打开ppm，安装bioperl。不用从网站上下载bioperl软件。 阅读全文

摘要： 1.先安装JAVA jdk版，http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html2.下载eclipsehttp://www.eclipse.org/3.下载Activeperl http://www.perlchina.org/get.html#win324.检测perl是否安装好了5.EPIC的安装：Eclipse安装Perl EPIC插件,在Eclipse中开发Perl项目1）EPIC网址：http://www.epic-ide.org/updates/这个最重要了，我之前做 阅读全文

摘要： [SolarizedDark]text(bold)=839496magenta(bold)=6c71c4text=839496white(bold)=fdf6e3green=859900red(bold)=cb4b16green(bold)=586e75black(bold)=073642red=dc322fblue=268bd2black=002b36blue(bold)=839496yellow(bold)=657b83cyan(bold)=93a1a1yellow=b58900magenta=dd3682background=042028white=eee8d5cyan=2aa198[N 阅读全文

摘要： xshell 4 在登陆服务器的时候对于中文的字会显示乱码，主要原因在于xshell没有设置好，并不是版本的问题。[文件]–>[打开]–>在打开的session中选择连接的那个 ,点击properties -> [Terminal ] ,在右边的translation先选择utf8，然后重新连接服务器即可。或者也可以在xshell的工具栏里面点击”Encoding”按钮，选择utf8编码即可。重新连接即可。 阅读全文