随笔分类 -  脑部CT&MRI旋转

基于形状的三维医学图像插值(二)
摘要：上篇存在的问题 这周和小组同学一起讨论，分析存在问题主要是由于以下两个原因 间隔1度取一个方向，再在这个方向上做插值，这个1度的间隔本身就漏掉一些点，并且会存在在边界处，越来越宽的情况 沿着当前方向计算时取出的点的坐标是浮点数，直接四舍侮五入造成的误差 解决方案 根据以上问题，**首先解决需要解决的 阅读全文
posted @ 2021-06-26 22:05 简约的信仰 阅读(514) 评论(0) 推荐(0)
基于形状的三维医学图像插值(一)
摘要：目的 项目中需要改进脑部CT三维旋转的插值，目前使用的方法是线性插值，这样使得对于Z轴spacing大的数据来说，插值会造成颅骨区域比真实值过宽或者过窄（过宽造成的影响更大），如下图，导致mask经过旋转之后映射到颅骨上了，这里mask也是使用的线性插值，也存在一定的问题，根据手工检查的部分数据来看 阅读全文
posted @ 2021-06-13 14:04 简约的信仰 阅读(1456) 评论(0) 推荐(1)
求同一个病例在拍摄的MRI和CT上的公共区域
摘要：需求 项目中需要求同一个患者在不同时间和不同设备下获取的MRI和CT的公共区域，由于目前项目中使用的配准代码（将MRI配准到CT上）不是开源的，所以只能考虑在配准前找到公共区域后，将MRI和CT的序列截断后重新保存成mhd文件，再看看配准效果是否有提升。 已知：（1）根据训练好的模型可以预测出CT序 阅读全文
posted @ 2021-05-06 00:33 简约的信仰 阅读(181) 评论(0) 推荐(0)
层间先验关系对模型学习的影响
摘要：**问题描述：**项目中需要模型对输入的三维数据中每一层标注的中线mask学习，并对输入的三维数据的每一层进行中线预测。现在预测结果中出现了比数据实际层数还多的mask，根据此预测结果求得三维的中心和中平面，用于后续的旋转等操作会因此导致效果不佳 对于上图中的数据来说，实际一共只有22层，但是却出现 阅读全文
posted @ 2021-05-04 23:58 简约的信仰 阅读(86) 评论(0) 推荐(0)
脑部CT中线截断
摘要：任务描述 与之前脑部MRI中线截断类似，处理根据每一层图像手工标注的点拟合的直线，截断超出脑部以外的线段，提供给模型训练 示例 如上图中，红色是根据手工标注的点拟合出来的直线（mask），框出的直线就是需要截断的，由于MRI是没有颅骨的，为了后期可能需要根据这个中心点求CT与MRI的公共区域 所以前 阅读全文
posted @ 2021-03-25 15:50 简约的信仰 阅读(571) 评论(2) 推荐(0)
使用传统方法（python）截断脑部MRI图像（二维）中线
摘要：使用传统方法（python）截断脑部MRI图像（二维）中线 任务描述 **前提：**根据对脑部MRI图像的每一层的中线手工标注的点，拟合出的中线，如下图： 中间层以上 中间层以下 **需求：**截断拟合出来的中线超出脑部区域的部分，如下图中绿色框中的线段，（只留下高量区域的上端点和下端点连接的线段— 阅读全文
posted @ 2021-03-11 15:49 简约的信仰 阅读(1114) 评论(0) 推荐(0)