04 2018 档案
摘要：http://bbs.pinggu.org/thread-1347583-4-1.html 包含基于命令行的stata{,-sm,-se,-mp}执行文件和基于X Window图形界面xstata{,-sm,-se,-mp}执行文件，xstata{,-sm,-se,-mp}的依赖关系如下: linu
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摘要：Making Selections The selection tool is also a useful feature to master when beginning to learn Avogadro. Generally, the selection tool allows for the
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摘要：Introduction Avogadro is a “molecular editor,” designed to be easy to use to construct and view molecules and materials in 3D. It runs on Windows, Lin
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摘要：Drawing Molecules Molecules are built and edited with the draw tool. Left clicking on the black display will allow you to begin your journey into mole
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摘要：LAMMPS input for water Prepare initial geometry The independently developed Packmol extension can be used to generate a box of water molecules. Open t
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摘要：以下是zhang_jaj 的问题:你好，我想用towhee做NVT下argon气在surface面上nucleation过程，希望你给一些指导，首先我想把potential选为LJ，surface与particles也是LJ作用，1）问题是这个surface是需要用particles来make吗，如
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摘要：Origin 9 "向程序发送命令时出现问题”解决 Origin 9 "向程序发送命令时出现问题”解决 # 问题：win7/win8 系统，每次打开工程文件 .opj 时，都有错误提示 “向程序发送命令时出现问题”，需要再次打开才行。 # 解决： ''' 1. 打开Origin 主程序 2. 进入菜
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摘要：Temperature surges simulating calcite surface with water Dear Lammps users, I have been trying to simulate a surface of calcium carbonate surface in c
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摘要：今天使用了 VMD 1.9.1，过程如下： 1. 下载安装包 下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择适合自己系统的安装包。 我的系统是Centos 6.3，所以下载的安装包是：vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.g
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摘要：The boiling point of a liquid becomes higher as the pressure increases. The difference between liquid density r L and vapor density r V at the equilib
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摘要：先导入坐标文件等，然后点到 Render 界面（右边工具栏最上面，标志为图片），然后设置选定的帧数范围，间隔，动画文件储存的位置，格式等，都设置好了后，点 Render active Viewpoint 进行录制。
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摘要：固体或液体体积与分子势能的关系 物质处于液态或固态时的分子势能大小不仅与温度和分子总数有关，还与分子间的平均距离及组成物质的分子之间的结构。有人认为物体受热时体积增大，分子间的平均距离变大，由于要克服分子引力做功，所以分子势能要增大；但是有些物质具有反常膨胀性质。在反常膨胀时，物体温度升高，而体积减
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摘要：Matlab取整函数有: fix, floor, ceil, round.取整函数在编程时有很大用处。 一、取整函数 1.向零取整(截尾取整) fix-向零取整（Round towards zero）； >> fix(3.6) ans = 3 2.向负无穷取整(不超过x 的最大整数-高斯取整) fl
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posted @ 2018-04-17 20:49
Simyang
摘要：因为origin默认的数据形式可以是多个x对应一个Y，比如Y=5,的水平直线，但不能是一个X多个Y（单个数据线）， 比如x=0.9的形式，可以考虑直接在图片窗口下添加一条竖直的直线，点击直线工具，按住shift垂直画线，然后编辑直线的属性，使位置在x=0.9，y随意。 双击画好的直线，弹出objec
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摘要：内容提要：文章通过两个案例来总结excel间隔取值的公式写法。 excel间隔取值常用于隔行隔列提取数值。 excel间隔取值案例一： 比如A列的数据，我们从第3行开始间隔取值，接着第7行，第11行，每隔固定的4行取值，比如C2等于A3，那么C3等于A7，以此类推。 上面这个excel间隔取值的截图
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posted @ 2018-04-16 13:25
Simyang
摘要：Dear Marcus Martin and towhee users I am working on GEMC-NVT simulation to predict the VLE of pure compound at various temperatures. The simulation ha
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摘要：1 几何符号 ⊥, ∥, ∠, ⌒, ⊙, ≡, ≌, , △ 2 代数符号 ∝, ∧, ∨, ～, ∫, ≠, , ≤, ≥, ≈, ∞, ∶ 3运算符号 ×, ÷, √, , ± 4集合符号 ∪, ∩, ∈ 5特殊符号 ∑, , π（圆周率） 6推理符号 |a|, , ⊥, , ∽, , △,
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摘要：Moltemplate Manual-(1)(Andrew Jewett, Jensen Lab (Caltech), Shea Lab (UCSB)) Warning: This manual does not explain how to run “active-matter" simulati
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摘要：\[\mu = {\left[ {\frac{{\partial U}}{{\partial n}}} \right]_{S,V}} = {\left[ {\frac{{\partial H}}{{\partial n}}} \right]_{S,P}} = {\left[ {\frac{{\par
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posted @ 2018-04-14 19:55
Simyang
摘要：1、Results of time averaging in a variable? Hi - I’d like to run an equilibration NPT, take the average box shape, and then use it to run an NVE, in a
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摘要：I have a problem you want to get helpI simulated adsorption calculated by towhee codeI use Gibbs Ensemble I calculated the methane adsorption in porou
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摘要：1 electron-volt [eV] = 11604.5250061657 kelvin [K] https://www.translatorscafe.com/unit-converter/en/energy/11-65/electron-volt-kelvin/ Constants and
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摘要：FORCE FIELD (CHEMISTRY) In the context of molecular modeling, a force field refers to the form and parameters of mathematical functions used to descri
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摘要：Non-bonded interactions NAMD has a number of options that control the way that non-bonded interactions are calculated. These options are interrelated
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摘要：[lammps-users] dummy_atom From: Baris Demir <demirb5850@ya...> - 2014-03-18 20:35:25
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摘要：Including Dummy-Site Coordinates of TIP4P/2005 Water in Data File From: Sang Beom Kim <sangbk@Princeton.EDU> - 2013-12-30 04:26:07Dear LAMMPS Users,I
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摘要：【求助】lammps 模拟tip4p冰，密度总是调不对 （1） 想请各位帮忙看看我的输入文件哪里有问题。压强等于0,得到的密度是0.933g/cm3左右。文献上是0.933g/cm3。总是不一样。输入的结构和周期性边界条件也反复检查过。xyz三个方向分别重复了5周期。 Radial distribu
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摘要：1、 用在类中的析构函数之前，表示该函数是析构函数。如类A的析构函数 class A { //... ~A(){}//析构函数 }; 2、 用于数字或者整形变量之前，表示对该数取反操作，其规则是~0=1, ~1=0, 如二进制0101 0101取反后就是1010 1010 C++之类的析构函数 简单
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摘要：双冒号 :: 操作符被称为域操作符(scope operator)，含义和用法如下： 1.在类外部声明成员函数。void Point::Area(){}; 2.调用全局函数；表示引用成员函数变量及作用域，作用域成员运算符 例：System::Math::Sqrt() 相当于System.Math.S
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摘要：关于源代码 Ask：想看看lammps源代码里面是如何计算原子间相互作用的，结果看来看去都没发现哪块是计算相互作用的，lammps的源代码写的很不容易看清楚啊。 从主程序main.cpp出发，里面除去MPI相关的函数，和创建一个lammps实例，剩下就一句话 lammps->input->file(
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摘要：Thermal de Broglie wavelength Thermal de Broglie wavelength Thermal de Broglie wavelength In physics, the Thermal de Broglie wavelength is defined for
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摘要：
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摘要：这是化学热力学的内容，简单介绍一下。焓的符号是H，数学定义为H=U+pV，其中U是体系的内能，p是压强，V是体积，反应前后焓的差值称为焓变，△H。体系在恒压条件下发生化学反应，只做体积功，那么，焓变就等于这个反应的反应热。焓是一个状态函数，只与体系反应的始态和终态有关，与反应过程无关。熵的符号是S，
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摘要：MCCCS Towhee: Monte Carlo Primer Overview This section provides a quick overview of statistical mechanics and discusses the reasons why somebody might
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摘要：MCCCS Towhee: Pressure Ideal Pressure This method of computing the pressure takes the total number density of molecules in a box and then converts tha
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摘要：最近又学习了 gx730的文章《学习TOWHEE的经验和感悟》，收获颇丰，对于其中使用towhee自带软件计算 纯物质 临界温度密度进行了简单的学习，并且在这里分享一下。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6669171&fpage=1 以下内
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摘要：维基百科： Temperature + 知乎（转载） —————————————————正文的分割线————————————————— 什么是温度？ 维基百科的定义是：温度是表示物体冷热程度的物理量，微观上来讲是物体分子热运动的剧烈程度。 把这句话拆成前半句和后半句分开解释好了。 —————————
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摘要：Bennett acceptance ratio From Wikipedia, the free encyclopedia The Bennett acceptance ratio method (sometimes abbreviated to BAR) is an algorithm for
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摘要：LAMMPS Polydisperse Packings Random polydisperse spherical packings can be generated by randomly placing spheres of different sizes into a box until n
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posted @ 2018-04-10 10:38
Simyang
摘要：我们要最小化 或者仅仅其中一部分 也就是说要 或者 . 什么叫bonded, nonbonded? 上面这张图片中的小球(原子)间的棒就叫bonded，看见那个虚线了吗? 连接两个小球的那个虚线，就叫nonbonded。 被"棒"的势能为 "棒"伸展势能: "棒"角度彎曲势能: "棒"绕棒旋转势能:
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摘要：I am running non-equilibrium molecular dynamics (NEMD) simulations for CO2 flowing in the carbon nanotubes, with CO2 being treated as rigid three site
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posted @ 2018-04-08 19:48
Simyang
摘要：关于Green-Kubo方法模拟水的粘度 求问有没有大神用lammps做过水的模拟？我现在改编了一下manual里面计算液氩粘度的那个算例，来模拟水的粘度，300k下得到的结果是0.2mPa.s，查得的标准值是0.8mPa.s，请路过的大神帮忙看一下是哪里出了问题，多谢！ in文件贴在下面，data
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posted @ 2018-04-08 09:47
Simyang
摘要：我也觉得这个地方很绕，lammps中给出的是满足高斯分布，然而很多地方都说原子的初始速度符合波尔兹曼分布，不理解啊。？ 高斯分布只是实空间下三个方向的分量，两个分布其实等价； FRENKEL的书上写道，在一定温度下的速度是满足玻尔兹曼分布的，但为什么在初始化的时候给的是满足高斯分布的随机数呢？其实，
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posted @ 2018-04-08 09:15
Simyang
摘要：新手们总是会困惑，LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中，使用全原子力场，基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面，这个参数特别重要，对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说，稍有不慎，会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣，对模
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posted @ 2018-04-07 20:47
Simyang
摘要：DL_PLOY的安装步骤及注意问题： 这里所说的安装是指在Linux或Mac下安装 首先，下载官网的安装包，解压后，找到build文件夹下，发现会有四个Makefile文件，基本上如果并行运算只需要选择Makefile_MPI文件即可，注意：一般推荐这个，因为即使是你做串行运算也可以，然而如果选择了
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posted @ 2018-04-07 17:23
Simyang
摘要：我最近写了一个关于超临界水的in文件，里面用到了fix shake命令，但运行的时候一直报错ERROR: Invalid fix style，我对照manuel检查了命令格式，没有发现问题，禁了fix shake后运行又出现ERROR: Invalid compute style，都没查出问题在哪里
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posted @ 2018-04-07 16:38
Simyang
摘要：问下，文献中关于CO2 势能模型里面 ε = Depth of LJ potential 的单位K 是什么意思？ manual 里面解释的ε 是 energy units 要是写pair_coeff 时，单位还用转化吗 ，我用的real单位 谢谢 答：这里有误，正确的应该是ε/kB（K），kB是玻尔
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posted @ 2018-04-07 16:11
Simyang
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