科普 [分子力学总势能(或者LJ势能)能量最小化]
我们要最小化
或者仅仅其中一部分 
也就是说要 
或者 
.
什么叫bonded, nonbonded? 上面这张图片中的小球(原子)间的棒就叫bonded，看见那个虚线了吗? 连接两个小球的那个虚线，就叫nonbonded。
被"棒"的势能为
"棒"伸展势能:
"棒"角度彎曲势能:
"棒"绕棒旋转势能:
"虚棒"的势能为
"虚棒"的LJ势能:
"虚棒"的静电势能:
这里van der Waals(1910年诺贝尔物理奖获得者)力的势能之所以也称作LJ(Lennard-Jones)势能，是因为剑桥大学的数学家约翰爱伍德Jones(Lennard是Jones的新妻的姓)描绘的数学曲线十分贴近实验室数据，剑桥至今有一个"Lennard-Jones中心":
以上科普知识可以参见综述论文:http://arxiv.org/abs/1504.03614。
