月光边境Eric

摘要： 安装conda wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##-c 表示断点续传 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 添加频道 conda co 阅读全文

摘要： 第一种 > mydata <- data.frame(x1 = c(2,2,6,4),x2 = c(3,4,2,8)) > mydata x1 x2 1 2 3 2 2 4 3 6 2 4 4 8 > mydata$sumx <- mydata$x1 + mydata$x2 > mydata x1 阅读全文

摘要： 创建数据框，然后根据给定ID提取对应行的信息，特别是给定的ID比较多的时候，其实很简单！ > patientID <- c("A","B","C","D") > age <- c(25,34,44,52) > DB <- c("T1","T2","T1","T1") > status <- c("P 阅读全文

摘要： 用逻辑值访问数据框或者别的，是循环访问嘛？特别是遇到那种下标出界的。。。 阅读全文

摘要： gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) if(F){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,fil 阅读全文

摘要： 查找芯片平台（比如GSE42872的平台文件GPL6244）对应的数据包： 参考：http://www.bio-info-trainee.com/1399.html gpl organism bioc_package 1 GPL32 Mus musculus mgu74a 2 GPL33 Mus m 阅读全文

摘要： a = matrix(1:20, nrow = 4,dimnames = list(c("第1行", "第2行", "第3行", "第4行"), c("第1列", "第2列", "第3列", "第4列", "第5列"))) a a[c(1, 3), c(2, 4)] a[c(1, 3),] a[, 阅读全文

摘要： ##这个可以跑if(T){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,file ="GSE42872_eSet.Rdata") } ##也就说if(!file.exists(f))等同于if( 阅读全文

摘要： load(file = 'step1-output.Rdata') table(group_list) # 每次都要检测数据 dat[1:4,1:4] ## 下面是画PCA的必须操作，需要看说明书。 dat=t(dat)#画PCA图时要求是行名时样本名，列名时探针名，因此此时需要转换 dat=as. 阅读全文

摘要： f='GSE42872_eSet.Rdata' ##原文操作如此，是不是作者的习惯，先命名 # https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42872 library(GEOquery) # 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置 阅读全文