摘要:用逻辑值访问数据框或者别的,是循环访问嘛?特别是遇到那种下标出界的。。。 阅读全文
posted @ 2020-07-03 21:36 月光边境Eric 阅读(47) 评论(0) 推荐(0) 编辑
只有博主才能阅读该文。 阅读全文
posted @ 2020-07-02 08:32 月光边境Eric 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) if(F){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,fil 阅读全文
posted @ 2020-06-29 22:42 月光边境Eric 阅读(56) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:查找芯片平台(比如GSE42872的平台文件GPL6244)对应的数据包: 参考:http://www.bio-info-trainee.com/1399.html gpl organism bioc_package 1 GPL32 Mus musculus mgu74a 2 GPL33 Mus m 阅读全文
posted @ 2020-06-27 15:09 月光边境Eric 阅读(54) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:a = matrix(1:20, nrow = 4,dimnames = list(c("第1行", "第2行", "第3行", "第4行"), c("第1列", "第2列", "第3列", "第4列", "第5列"))) a a[c(1, 3), c(2, 4)] a[c(1, 3),] a[, 阅读全文
posted @ 2020-06-22 14:55 月光边境Eric 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:##这个可以跑if(T){ gset <- getGEO("GSE42872",destdir = ".",AnnotGPL = F,getGPL = F) save(gset,file ="GSE42872_eSet.Rdata") } ##也就说if(!file.exists(f))等同于if( 阅读全文
posted @ 2020-06-14 22:05 月光边境Eric 阅读(159) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:load(file = 'step1-output.Rdata') table(group_list) # 每次都要检测数据 dat[1:4,1:4] ## 下面是画PCA的必须操作,需要看说明书。 dat=t(dat)#画PCA图时要求是行名时样本名,列名时探针名,因此此时需要转换 dat=as. 阅读全文
posted @ 2020-06-10 11:33 月光边境Eric 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:f='GSE42872_eSet.Rdata' ##原文操作如此,是不是作者的习惯,先命名 # https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42872 library(GEOquery) # 这个包需要注意两个配置,一般来说自动化的配置 阅读全文
posted @ 2020-05-31 22:45 月光边境Eric 阅读(268) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:R中 %in% 的含义(from lzmcbody的回答): 每个元素都会被判断一次,返回逻辑值。 ls() 列出当前工作环境中所有变量--GEO数据step1用到的 > ls() [1] "a" "dat" "gpl" "group_list" "gset" "ids" [7] "pd" "pro 阅读全文
posted @ 2020-05-31 07:35 月光边境Eric 阅读(45) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:其实加载GEOquery包的时候就出现options()的这行代码 > library(GEOquery) 载入需要的程辑包:Biobase 载入需要的程辑包:BiocGenerics 载入需要的程辑包:parallel 载入程辑包:‘BiocGenerics’ The following obje 阅读全文
posted @ 2020-05-27 07:22 月光边境Eric 阅读(371) 评论(0) 推荐(0) 编辑