随笔分类 -  R语言

摘要:MacOS上安装R包的时候报错,如下 * installing *source* package ‘vegan’ ... ** 成功将‘vegan’程序包解包并MD5和检查 ** using staged installation ** libs clang -mmacosx-version-min 阅读全文
posted @ 2022-04-24 09:56 Ryann'sBio 阅读(3438) 评论(1) 推荐(0)
摘要:gvlma() gvlma函数可以用来检测线性拟合模型的假设是否成立,并对峰度、偏度进行验证。 install.packages("gvlma") library(gvlma) gvlma(fit) 结果如下,原假设是假设成立,所以当p>0.05时,才符合线性模型 Global Stat [全局统计 阅读全文
posted @ 2021-07-20 11:45 Ryann'sBio 阅读(816) 评论(0) 推荐(0)
摘要:dplyr包 mutate(),将一列向量加入到已有的数据框,向量长度和数据框列数要一样 select(),选择数据框的某几列 filter(),对数据框的行进行筛选 df1 <- data.frame( name = c("Alice", "Alice", "Bob", "Bob", "Carol 阅读全文
posted @ 2021-03-17 18:12 Ryann'sBio 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)
摘要:各种label的函数(geom_tiplab,geom_cladelabel,geom_strip) align:T对齐label,默认为F。 offset: 调整文本、图形和树的距离位置,默认为0。 node: 标记对应的节点,可用MRCA(tree,node1,node2)来找到节点的祖先节点 阅读全文
posted @ 2021-03-10 17:42 Ryann'sBio 阅读(814) 评论(0) 推荐(0)
摘要:数据文件 Rscript ##批量读取数据 file <- list.files(pattern="mating.index.data") ##循环处理 merge.data <- list() n = length(file) for (f in 1:n){ hal.tree<-read.tree 阅读全文
posted @ 2020-07-01 16:12 Ryann'sBio 阅读(5089) 评论(0) 推荐(0)