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Seurat取子集 周运来简书 Seurat取子集 官网代码 subset函数 subset函数的invert参数相当于exclude 阅读全文
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brew：Mac OS 下强大的包管理工具。 iTerm2：iTerm2是 Mac OS 终端的替代品，也是iTerm的继承者。iTerm2将终端带入了"只有想不到，没有做不到"的时代。 zsh：zsh 是 shell 语言类型，兼容bash，提供强大的交互式命令行功能，比如 tab 补全，自动纠错 阅读全文
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环境的查看： conda env list 环境的创建： conda create -n new_env(环境名） 进入某个环境： source activate myenv 退出某个环境： conda deactivate source deactivate py37 查看conda安装的包： c 阅读全文
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1. 自建离散量表 scale_color_manual scale_color_manual(values=c("red","blue","green","tomato","tomato","#e86b97","blue")) scale_discrete_manual() 2. 连续和合并的色标 阅读全文
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MacOS上安装R包的时候报错，如下 * installing *source* package ‘vegan’ ... ** 成功将‘vegan’程序包解包并MD5和检查 ** using staged installation ** libs clang -mmacosx-version-min 阅读全文
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gvlma() gvlma函数可以用来检测线性拟合模型的假设是否成立，并对峰度、偏度进行验证。 install.packages("gvlma") library(gvlma) gvlma(fit) 结果如下，原假设是假设成立，所以当p>0.05时，才符合线性模型 Global Stat [全局统计 阅读全文
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dplyr包 mutate()，将一列向量加入到已有的数据框，向量长度和数据框列数要一样 select()，选择数据框的某几列 filter()，对数据框的行进行筛选 df1 <- data.frame( name = c("Alice", "Alice", "Bob", "Bob", "Carol 阅读全文
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1. branch-site模型的多个前景枝设定 有两种检测方式： 多次分别检测，每次检测一个前景枝，并且去除其他目标前景枝； 一次检测多个前景枝，将所有感兴趣的枝都标记为前景枝。这两种检测方式意味着不同的生物学假设，如果是对某一个基因做正选择分析，那么第一种是假设这个基因在目标枝都受到正选择，但受 阅读全文
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各种label的函数（geom_tiplab，geom_cladelabel，geom_strip） align：T对齐label，默认为F。 offset: 调整文本、图形和树的距离位置，默认为0。 node: 标记对应的节点，可用MRCA(tree,node1,node2)来找到节点的祖先节点 阅读全文
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PhastCons是根据phylo-HMM模型对序列的保守性进行计算。 PhastCons的输入是一个带有枝长的系统发育树和比对好的序列，系统发育树需要用中性位点来构建，我们要找的保守序列在演化过程中受到纯化选择或负选择，而中性位点是一种nonconserved的状态，可以用来作为背景去估算cons 阅读全文