摘要：1. branch-site模型的多个前景枝设定 有两种检测方式： 多次分别检测，每次检测一个前景枝，并且去除其他目标前景枝； 一次检测多个前景枝，将所有感兴趣的枝都标记为前景枝。这两种检测方式意味着不同的生物学假设，如果是对某一个基因做正选择分析，那么第一种是假设这个基因在目标枝都受到正选择，但受 阅读全文

摘要：PhastCons是根据phylo-HMM模型对序列的保守性进行计算。 PhastCons的输入是一个带有枝长的系统发育树和比对好的序列，系统发育树需要用中性位点来构建，我们要找的保守序列在演化过程中受到纯化选择或负选择，而中性位点是一种nonconserved的状态，可以用来作为背景去估算cons 阅读全文

摘要：`本文仅为个人记录` 流程说明 "从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第3节 数据质控" "2015a" "2016a" "全基因组测序数据获取后应该怎么分析" samtools "samtools常用命令详解" "samtools flag查询" bwa "BWA 命令详解" 阅读全文