在python中将一个文件的某列替换另一个文件的某列

因为我们测序的时候，引物用的是hg19作为参考序列的，但是就目前来说，hg38注释信息更为丰富。因此，我们决定将call出来的hg19的snv位点转化为hg38,进而用annovar进行注释。

之前有一篇转载的博文，就如何将不同类型的参考基因组进行转换。我们用已经转化好的bed(chrom,start,end,***)文件去替换用varscan call 出来的位点信息就好。脚本如下，

#!/usr/bin/env python2.7

import sys

def main():
    data1 = map(lambda x:x.strip().split(" ")[1],open("data.bed").readlines())
    data2 = open("data.vcf", "r").readlines()
    for line in data2:
        if line.startswith('#'):
            sys.stdout.write('%s' %line)
        else:
            llist = line.split('\t')
            llist[1] = data1.pop(0)
            sys.stdout.write( '%s' %('\t'.join(llist)) )

if __name__ == '__main__':
     main()

跑一下，输出到某个文件就好(bed文件是空格分割，vcf文件是table键分割，切记！！！)