摘要: 通过本篇文章可以对ML的常用算法有个常识性的认识,没有代码,没有复杂的理论推导,就是图解一下,知道这些算法是什么,它们是怎么应用的,例子主要是分类问题。 每个算法都看了好几个视频,挑出讲的最清晰明了有趣的,便于科普。 以后有时间再对单个算法做深入地解析。 今天的算法如下: 决策树 随机森林算法 逻辑 阅读全文
posted @ 2018-11-23 13:18 Raymontian 阅读(219) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 装载 作者:kicilove 来源:CSDN 原文:https://blog.csdn.net/kicilove/article/details/76060980?utm_source=copy data.table包使用总结R中的data.table包提供了一个data.frame的高级版本,让你 阅读全文
posted @ 2018-10-15 10:10 Raymontian 阅读(3601) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com 之前大致了解了些免疫疗法的相关内容,最近一篇文章深度长文:一文尽览PD-1/PD-L1/CTLA-4肿瘤免疫治疗分子标志物大全概括性的讲述了一些现在免疫疗法中生物标志物的相关内容,值得仔细看一看 先总结下其中一些感兴趣的内容 阅读全文
posted @ 2018-10-10 17:13 Raymontian 阅读(4219) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: STAR 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com 第一次听说START这款比对软件是因为其是ENCODE计划的御用软件,ENCODE计划(ENCyclopedia Of DNA Elements)又称人类基因组DNA元件百科全书计划,是2003年在人类基因组计划完 阅读全文
posted @ 2018-10-10 17:12 Raymontian 阅读(1727) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com 生存分析是研究生存时间的分布规律,以及生存时间和相关因素之间关系的一种统计分析方法 其主要应用领域: Cancer studies for patients survival time analyses(临床癌症上病人生存分 阅读全文
posted @ 2018-10-10 15:57 Raymontian 阅读(3621) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在做分类时常常需要估算不同样本之间的相似性度量(Similarity Measurement),这时通常采用的方法就是计算样本间的“距离”(Distance)。采用什么样的方法计算距离是很讲究,甚至关系到分类的正确与否。 本文的目的就是对常用的相似性度量作一个总结。 本文目录: 1. 欧氏距离 2. 阅读全文
posted @ 2018-04-26 10:42 Raymontian 阅读(154) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、用0替代数据框中的缺失值NA 生成数据框: > m <- matrix(sample(c(NA, 1:10), 100, replace = TRUE), 10) > d <- as.data.frame(m) V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 4 3 NA 3 阅读全文
posted @ 2018-03-20 09:00 Raymontian 阅读(6764) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: SYNOPSIS samtools view -bt ref_list.txt -o aln.bam aln.sam.gz samtools sort -T /tmp/aln.sorted -o aln.sorted.bam aln.bam samtools index aln.sorted.bam 阅读全文
posted @ 2017-11-08 11:01 Raymontian 阅读(941) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Axt format BAM format BED format BED detail format bedGraph format barChart and bigBarChart format bigBed format bigGenePred table format bigPsl table 阅读全文
posted @ 2017-11-02 15:55 Raymontian 阅读(1485) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Introduction Pysam is a python module that makes it easy to read and manipulate mapped short read sequence data stored in SAM/BAM files. It is a light 阅读全文
posted @ 2017-08-28 10:45 Raymontian 阅读(1388) 评论(0) 推荐(0) 编辑