NGS - 随笔分类 - OA_maque

RNA-seq 数据的简单分析

摘要：主要介绍如何分析RNA seq 数据参考文档 "Wikipedia RNA seq" paper: "RNA Seq: a revolutionary tool for transcriptomics" "TopHat " "Cufflinks" "CummeRbund" "TopHat... 阅读全文

posted @ 2015-10-08 20:56 OA_maque 阅读(13644) 评论(0) 推荐(0)

Flexbar 的安装

摘要：安装 Flexbar "Flexbar" "github flexbar" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/flexbar/2.5/flexbar_v2.5_linux64.tgz 解压 $ tar... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:26 OA_maque 阅读(894) 评论(0) 推荐(0)

SAMStat 的安装

摘要：安装 SAMStat "SAMStat" 下载 $ wget http://downloads.sourceforge.net/project/samstat/samstat 1.5.tar.gz 解压 $ tar xzvf samstat 1.5.tar.gz 编译由... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:24 OA_maque 阅读(564) 评论(0) 推荐(0)

FastQC 的安装

摘要：安装 FastQC "FastQC" 下载 $ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zip 解压 $ unzip fastqc_v0.11.3.zip 设置... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(4728) 评论(0) 推荐(0)

Picard 的安装

摘要：安装 Picard "picard" 下载 $ wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.124/picard tools 1.124.zip O picard tools 1.124.zip ... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:23 OA_maque 阅读(5192) 评论(0) 推荐(0)

HTSeq 的安装

摘要：htseq count 的安装 "HTSeq: Analysing high throughput sequencing data with Python" "Prequisites and installation" 安装依赖的组件 $ sudo apt get install... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:22 OA_maque 阅读(4822) 评论(0) 推荐(0)

STAR 的安装

摘要：STAR 的安装 "github STAR" 下载 $ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.4.2a.tar.gz 解压 $ tar xzf STAR_2.4.2a.tar.gz 编译安装 $... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 13:19 OA_maque 阅读(1965) 评论(0) 推荐(0)

cufflinks 2 的安装

摘要：安装 cufflinks2 "Cufflinks" "github cufflinks" 下载最新预编译版本 $ wget http://cole trapnell lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks 2.2.1... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:30 OA_maque 阅读(3125) 评论(0) 推荐(0)

TopHat2 的安装

摘要：安装 TopHat2 下载最新预编译版本 $ wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat 2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 $ tar zxvf tophat 2.1.0.Linux_x... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:17 OA_maque 阅读(3772) 评论(0) 推荐(1)

bam-readcount 的安装

摘要：安装 bam readcount "bam readcount" 需要提前安装 git 和 cmake 如果都没有安装的话，可以一条命令： $ sudo apt get install build essential git core cmake zlib1g dev libncur... 阅读全文

posted @ 2015-09-24 10:15 OA_maque 阅读(2743) 评论(0) 推荐(0)

samtools 的使用

摘要：主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的瑞士军刀，功能很是强大，所以值得好好学习一番。文档参考 "总站" "samtools mannual" "github samtools" "标准流程" 推荐： "blog SAMtools: ... 阅读全文

posted @ 2015-09-23 01:43 OA_maque 阅读(2821) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 Bowtie 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie 的入门用法，完成从原始序列到最后mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie mannual" "Getting started with Bowtie" "github bowtie" ... 阅读全文

posted @ 2015-09-22 09:43 OA_maque 阅读(3590) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 Bowtie2 的简单使用

摘要：主要简述 bowtie2 的入门用法，完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。参考文档最重要的参考文档还是官方文档： "Bowtie2 mannual" "Getting started with Bowtie 2" "文献: Fast gap... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 21:43 OA_maque 阅读(4260) 评论(0) 推荐(0)

比对程序 BWA 的简单用法

摘要：本文主要非常简要地介绍一下基因组二代测序序列比对程序 BWA 的使用：帮助文档 "Manual Reference Pages" "github bwa" "文献: Fast and accurate short read alignment with Burrows Wh... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 20:06 OA_maque 阅读(2515) 评论(0) 推荐(0)

sra-tools 的安装与简单使用

摘要：本文主要介绍如何安装和使用 sra tools 这个软件，主要用途还是把NGS序列原始数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。下载 "SRA Toolkit" 可以直接下载已经编译过的软件。无需自己再编译。文档安装，使用 "SRA Toolkit... 阅读全文

posted @ 2015-09-11 15:31 OA_maque 阅读(8631) 评论(0) 推荐(0)

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