单细胞质量控制常见指标的解读学习

常见指标	是什么？
nFeature_RNA	一个细胞表达了多少种不同的基因
nCount_RNA	一个细胞里检测到的所有RNA分子（UMI）总数
percent.mt	细胞中线粒体基因的RNA占比
percent.HB	细胞中血红蛋白基因的RNA占比

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nFeature_RNA（左上图）

判断细胞质量和是否异常。

• 值很低：可能是“空壳”细胞（液滴里没有细胞），或濒死的低质量细胞。
• 值异常高：可能是两个细胞被错误地包裹在一起，即“双细胞”。

通常呈正态分布（中间高，两边低）。我们会保留中间大部分“技能”适中的合格细胞，剔除两端过高或过低的异常细胞。

nCount_RNA（右上图）

判断细胞活性和大小，并辅助发现异常。

• 量太低：细胞可能不活跃或质量差。
• 量异常高：同样提示可能是“双细胞”。
  （它的分布通常和nFeature_RNA很相似）

和nFeature_RNA联合观察。合格细胞应处于一个合理的“工作量”区间。

percent.mt（左下图）

细胞的“疲劳指数”,判断细胞中线粒体基因的RNA占比(这是最重要的细胞状态指标)。
比例过高，强烈提示细胞可能处于：

• 应激状态
• 凋亡（程序性死亡）中
• 已经死亡
  (这些细胞必须剔除，否则会严重影响后续分析结果)

*越低越好:不同组织有不同阈值，但通常超过5%-20%​ 就会被认为质量不佳。图中大部分细胞此值很低，说明样本整体活性很好。

percent.HB（右下图）

样本的“污染指数”,判断细胞中血红蛋白基因的RNA占比。

检测并剔除红细胞污染：在分析非血液组织（如肿瘤、大脑、肝脏）时，如果混入了破裂的红细胞，它们的基因会污染数据，必须清除。