编码转换

Chothia编码和IMGT编码都是用于抗体结构研究中的编号系统，但它们在定义和应用上有一些区别：

Chothia编码

• 定义：Chothia编码是基于抗体结构环的位置来定义的编号系统，主要用于抗体的重链和轻链。它通过分析抗体结构中的环区域来确定编号，这些环区域对应于抗体的互补决定区（CDR）。
• 特点：
  • 适用于重链和轻链。
  • 插入发生在特定位置，并且可以在框架和CDR中出现，用字母A-Z标注。
  • 与Kabat方案相比，Chothia方案在CDRH1的位置放置插入的位置不同。
• 示例：在Chothia编码中，轻链的LCDR1对应于L24-L34，重链的HCDR1对应于H26-H32。

IMGT编码

• 定义：IMGT编码是为所有抗原受体类型设计的，包括抗体、T细胞受体等。它旨在提供一种统一的编号系统，使得不同类型的抗原受体在结构上具有可比性。
• 特点：
  • 为所有抗原受体类型提供了128个可能的位置。
  • 插入主要出现在CDR3区域，IMGT编码通过字母来表示插入。
  • 插入在CDR3区域对称地分布在IMGT位置111和112周围，例如111-ABCD DCBA-112。

主要区别

• 适用范围：Chothia编码主要适用于抗体的重链和轻链，而IMGT编码适用于更广泛的抗原受体类型。
• 插入处理：两种编码系统在处理插入的方式上有所不同。IMGT编码在CDR3区域的插入处理上具有特定的规则，而Chothia编码在框架和CDR中的插入处理上有所不同。
• 位置定义：IMGT编码提供了统一的位置定义，使得不同类型的抗原受体可以在结构上进行比较，而Chothia编码更侧重于抗体结构环的具体位置。

这两种编码系统在抗体结构研究中都有重要的应用，选择哪种编码系统取决于具体的研究目的和需求。