2023年10月30日
摘要: 比如一个Fasta文件的内容如下: seq001|aaa ATCGGGG seq002|bbb AAAATTTT 删除序列名称中“|”后的内容,只保留seq001, seq002这样的名称 点击查看代码 #!/usr/bin/env python import sys import pysam wi 阅读全文
posted @ 2023-10-30 10:51 Bonjour_! 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年10月12日
摘要: 点击查看代码 x = list() p = list() outdir = paste0(getwd(),'/8.metabolites.connect.enrichment') if(dir.exists(outdir)){ print("dir exists") }else{ dir.creat 阅读全文
posted @ 2023-10-12 18:03 Bonjour_! 阅读(34) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年9月27日
摘要: 点击查看代码 wget --no-check-certificate --no-cookies --header "Cookie: oraclelicense=accept-securebackup-cookie" "http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/H 阅读全文
posted @ 2023-09-27 09:33 Bonjour_! 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年9月15日
摘要: linux 下rush使用可以并行执行一些操作 阅读全文
posted @ 2023-09-15 11:58 Bonjour_! 阅读(48) 评论(0) 推荐(0) 编辑
  2023年8月1日
摘要: 点击查看代码 ``` #!/bin/bash #SBATCH -p Batch2 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 1 #SBATCH -c 1 #SBATCH --job-name=jupyter #SBATCH --output=jupy.out #SBATCH --error=j 阅读全文
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  2023年7月31日
摘要: #### 1. 第一种数据格式为protein.fa(translated.fa) 和 gene.gtf文件,序列信息如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230731150638409-1442956648 阅读全文
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  2023年7月18日
摘要: ##### 1. 对小鼠的蛋白序列进行建库 点击查看代码 ``` makeblastdb -in Mus_musculus.GRCm39.pep.all.fa -dbtype prot -parse_seqids -out ./mm.blast.db/index ``` ##### 2. 将自己的物 阅读全文
posted @ 2023-07-18 13:53 Bonjour_! 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 类别变量采用卡方检验。连续变量采用双因素方差分析检验 阅读全文
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摘要: for i in $(cat name.txt);do mv ${i}_* ${i} done https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9 点击查看代码 ``` fs = list.files('./GSE136001_RAW/',pattern = '^GSM') 阅读全文
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  2023年7月12日
摘要: ### 1. 10x下机的三个文件名不符合下游分析的格式,如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230712142943527-16164620.png) ### 2. 需要整理成如下的格式 ![](http 阅读全文
posted @ 2023-07-12 14:33 Bonjour_! 阅读(112) 评论(0) 推荐(0) 编辑