随笔分类 -  测序-基因组分析-技术

蛋白质谱
摘要：https://www.jianshu.com/p/96b3916aee3b 阅读全文
posted @ 2020-06-18 10:32 zypiner 阅读(446) 评论(0) 推荐(0)
测序基础知识--整理
摘要：测序： 如何计算测序深度，或产出的数据量？ 10的9次方=1G 如果测序的read是pair-end的、且每条read长150bp，则，平均测序深度为=（reads数×150bp×2）/（3*10的10次方）。 即：测序得到的碱基总数/人类基因组的碱基对数=平均测序深度。 比如，我想得到30x的测序 阅读全文
posted @ 2020-03-27 06:26 zypiner 阅读(5995) 评论(0) 推荐(0)
人类基因组概况--整理
摘要：人类基因组概况： 人类基因组由ATCG四种碱基组成，但是CG的含量低于50%，所以CG含量低于AT含量。 一个基因组的dna大约3ug。 snp： 平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs，不过密度并不均匀。 如果按照每1000个碱基存在1个SNP来计算，人类30亿个碱基中，大约有300万个S 阅读全文
posted @ 2020-03-26 07:18 zypiner 阅读(4892) 评论(0) 推荐(0)
single RNA -- single-nuclei RNA seq
摘要：参考： http://www.bio-chain.com/news/html/?59.html http://www.bio-star.cn/news/%E6%88%91%E6%98%AF%E7%BB%86%E8%83%9E%E6%A0%B8%EF%BC%8C%E6%88%91%E4%B8%BA%E 阅读全文
posted @ 2019-11-29 09:34 zypiner 阅读(501) 评论(0) 推荐(0)
【转载】RNA-seq测序方法
摘要：参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/26319993 https://cloud.tencent.com/developer/article/1483493 常规的RNA测序分三大类：转录组测序（我们平时最多提到的RNA-seq）、小RNA测序、以及近两年比较火热的环状 阅读全文
posted @ 2019-11-28 09:55 zypiner 阅读(3086) 评论(0) 推荐(0)
RNA-seq分析
摘要：cuffdiff： cuffdiff的输入 1. bam文件 2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。 若执行：cuffdiff c1,c2,c3 t1,t2,t3，则得到1个差异列表。 若分别执行：cuffdiff c1 t1 cuffdiff c2 t2 cuffdi 阅读全文
posted @ 2019-10-21 15:51 zypiner 阅读(612) 评论(0) 推荐(0)
基因组关联分析技术的简介
摘要：2009年发表在NEJ的文献Genome-wide Association Studies and Human Disease，提到了各种基因组关联分析的技术（如表达谱array、全基因组SNP array、高通量测序技术），以及这些技术的应用。 表达谱arrary：用杂交技术检测基因的表达； 全基 阅读全文
posted @ 2019-07-09 10:14 zypiner 阅读(572) 评论(0) 推荐(0)
表观遗传、开放染色质测序、ATAC-seq、ChIP-seq简介
摘要：表观遗传 表观遗传的3个机制：DNA甲基化；组蛋白修饰；chromatin remodeling 开放染色质测序： 参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012 研究目的：研究细胞的转录调控。 细胞的大部分时间处于细胞分裂的间期（即：非分裂时期），所以细胞内的遗传 阅读全文
posted @ 2019-06-20 15:50 zypiner 阅读(8783) 评论(0) 推荐(0)