随笔分类 -  R

摘要：系统及R版本：ubuntu18系统，R.3.6 执行命令：BiocManager::install("GSVA") 出现error： ... checking for xml2-config... noCannot find xml2-configERROR: configuration faile 阅读全文

摘要：参考：https://www.cnblogs.com/raisok/p/11039239.html 阅读全文

摘要：z-score： 比如，某样本的100个snv的深度差别很大。但是，想画这些点的深度图。值大的与值小的点，通过不同颜色很容易区分开来；但是，值大的与值中等大的点，不容易区分。这时，可以把深度转换为z-score，使深度值变小，再用不同颜色区分不同深度值。 R中进行normalization的方法： 阅读全文

摘要：搜索“r ggplot2 how to enlarge some points in the scatter plot”： https://stackoverflow.com/questions/20251119/increase-the-size-of-variable-size-points-i 阅读全文

摘要：在R中，p.adjust可计算FDR值。参考网址：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/p.adjust.html 多重检验都得算q-value，即FDR值。原因如下： 参考我的博文：https://www.cnblogs. 阅读全文

摘要：1. 安装R包时，我一般采用两种方法： 方法1： install.packages("xxx")； 方法2： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("readr") 即便用这两种方法，仍然会出现问题“无法打开URL'https:/ 阅读全文