摘要：
1.从美国矿物数据库下载矿物CIF（有晶格） 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.手动指定每个原子力场类型 edit-atom selection-按元素选（比如选好H）——先选不用区分类型的元素，再逐一选其他元素 View-Explo 阅读全文
摘要：
LAMMPS 即 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (大规模原子分子并行模拟器)，是由美国能源部桑迪亚国家实验室开发的一种开源的经典分子动力学模拟代码 in 文件描述一个符合牛顿定律的模拟过程，内容大致包含三个部分： 阅读全文
摘要：
.Download 1.American Mineralogist Crystall Structure Database ： http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 下载AMC文件——导入Vesta，导出VMD支持文件，如pdb文件——导入VMD三种方 阅读全文
摘要：
一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不包含键能，键长，键角的信息，需要自己参考文献，手动输入。 #在使用时加入-ignore参数就可以自己输入了。 阅读全文
摘要：
VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填写水盒子参数：如下 3. 加入离子：完成第二步建成水盒子后，会自动生成solvate.pdb 和solvate.psf文件，有 阅读全文
摘要：
SPC=simple point charge简单点电荷力场——此力场将水分子视为刚体分子，其键长键角的值恒定。此力场将二水分子的作用分为范德华作用和库伦作用。尽氧-氧原子间有范德华作用，水分子的每个原子均带有电荷，分子间对有库伦静电作用。 TIP=Transferable Intermolecul 阅读全文
摘要：
分子模拟定义及方法 将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。按照获得微观态的方法不同，分子模拟可以分为： 1.Monte Carlo蒙特卡罗方法，MC：1.构型平均，不包含动力学部分；2.利用概率行走产生微观态。 2.Molecular Dynamics分子动力学，MD： 阅读全文