随笔分类 -  Bioinformatics software

rMATs分析single-end 数据，结果文件为空？
摘要：最新版的rMATS v4.0相比上一版本性能有了很大提升，处理双端测序数据时，结果没问题。但是分析单端数据时，出来的结果文件只有header，没有其他内容。最开始以为是数据有问题，测试了几个其他数据，双端测序数据都有结果，单端测序数据都没有结果。Google一下，有很多人碰到同样问题。 作者回复正在 阅读全文
posted @ 2018-05-12 21:21 ZzzzHong 阅读(629) 评论(0) 推荐(0)
samtools的一些问题
摘要：samtools在内存与core大量使用时容易出错：如 samtools sort: failed to create temporary file "TCGA-B0-5117-01A-01R-1420-07/hisat2_result/tmp.0000.bam": Cannot send afte 阅读全文
posted @ 2018-01-24 20:21 ZzzzHong 阅读(2129) 评论(0) 推荐(0)
rMATs软件的介绍与使用
摘要：rMATs是一款分析RNA可变剪切事件的软件，其最大特点是考虑了replicate，还针对配对样本（在医学方面很多都是tumor和normal配对）建立了统计模型，如此以来，得到的结果相对来说也更好。具体可参考文献《rMATS: Robust and flexible detection of di 阅读全文
posted @ 2018-01-04 22:59 ZzzzHong 阅读(4515) 评论(0) 推荐(0)
[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1
摘要：在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令 报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序 阅读全文
posted @ 2017-09-05 19:47 ZzzzHong 阅读(2621) 评论(0) 推荐(0)
基因组各种版本对应关系(转载)
摘要：转载自http://www.bio-info-trainee.com/1469.html（生信菜鸟团） 首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/6 阅读全文
posted @ 2017-09-04 14:51 ZzzzHong 阅读(2252) 评论(0) 推荐(0)
使用trim_galore软件遇到的问题
摘要：我的原始测序数据是双端测序，在用trim_galore软件去接头的这一步，使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序，结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候，发现mapping率只用10%，低的惊人。后来排除建库失败的可能，我去查看了trim_galore运行时的日 阅读全文
posted @ 2017-09-02 10:13 ZzzzHong 阅读(3178) 评论(0) 推荐(0)
RepeatMasker使用中的问题
摘要：RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017，最后生成结果文件，例如.out,.masked,.tbl等 软件特性：软件运行很慢，而且很占内存（x100）。所以运行RepeatMasker时，要注意服务器的内存使用，内存超出会有c 阅读全文
posted @ 2017-08-30 16:42 ZzzzHong 阅读(1018) 评论(0) 推荐(0)