随笔分类 -  R

R常用包
摘要：visualization toolkits for genomic data:ggbio,Gviz 1.genomation: a toolkit for annotation and in bulk visualization of genomic intervals (scored or un 阅读全文
posted @ 2018-10-16 19:57 ZzzzHong 阅读(271) 评论(0) 推荐(0)
annotate(ggplot2)
摘要：ggplot2中的annotate可以在已有图形基础上，添加任意几何对象（如rect,pointrange，text等） 上图最底层的长方形就是用annotate制作出来的（代码来自于Guitar包） 阅读全文
posted @ 2018-10-10 21:14 ZzzzHong 阅读(5575) 评论(1) 推荐(0)
生信常用脚本
摘要：1.用自己的gtf文件构建txdb数据结构，用于下游分析(The TxDb class is a container for storing transcript annotations) 2.提取transcripts、exons、genes、promoters and so on 阅读全文
posted @ 2018-09-20 22:14 ZzzzHong 阅读(786) 评论(0) 推荐(0)
常用轮子
摘要：ggThemeAssist:初步作图完成后，可用这个包交互式地修改ggplot的主题 ggpubr:可结合ggplot2，进行t-检验，秩和检验等统计分析，并在图中显示p值等 GenomicFeatures：提取和管理基因组的feature等 阅读全文
posted @ 2018-07-27 15:55 ZzzzHong 阅读(182) 评论(0) 推荐(0)
R包更新的注意点
摘要：用上面的代码可以将R包更新到最新版，需要注意的一点是，后面安装过程中，指定R包安装目录时，需设定在原R包所在目录下。这样可以将原R包中的安装包直接copy过来，并选择是否升级 阅读全文
posted @ 2018-07-18 14:43 ZzzzHong 阅读(1321) 评论(0) 推荐(0)
r Error:maximal number of DLLs reached...
摘要：目前的R包中，很多包之间是互相依赖的。但R的namespace是有上限的。如果导入的包超过这个上限就会报错 这时候要修改R的环境配置，找到R文件夹下etc目录下的Renviron.site文件，将 这一行加入到Renviron.site文件中，然后重启R就可以了。linux和Mac下的R也只要修改下 阅读全文
posted @ 2018-06-27 11:20 ZzzzHong 阅读(679) 评论(0) 推荐(0)
Error in inherits(x, "theme") : argument "e2" is missing, with no default
摘要：在Rstudio中运行代码 出现错误 这是因为+位于开头了，导致theme()语句无法与上一语句衔接，只需把+放在上一语句的末尾 阅读全文
posted @ 2018-04-11 12:15 ZzzzHong 阅读(1686) 评论(0) 推荐(0)
R 变量名开头不能为数字
摘要：在R 语言中变量名不能以数字开头，而且变量名中最好不用特殊字符。如果通过read.table 等函数导入文本中，colname中以数字开头，导入后，会自动在数字前加个X 阅读全文
posted @ 2018-03-13 11:38 ZzzzHong 阅读(821) 评论(0) 推荐(0)
Error in C(1, 2) : object not interpretable as a factor
摘要：是c()写成C()的缘故... 阅读全文
posted @ 2018-01-18 18:49 ZzzzHong 阅读(3440) 评论(0) 推荐(0)
Rstudio( bioconductor)下载太慢，用国内镜像
摘要：在Rstudio中，下载软件install.packages()和 bioconductor软件下载命令 默认的下载地址都在国外，所以一般来说下载速度十分慢。但其实在国内都有相关的镜像，可以用来下载相关包 Rstudio直接在Tools-->Global Options-->Packages-->C 阅读全文
posted @ 2018-01-04 22:38 ZzzzHong 阅读(23391) 评论(1) 推荐(1)
Error in library(DESeq2) : 不存在叫‘DESeq2’这个名字的程辑包
摘要：在安装‘DESeq2’这个包的最后出现上面的错误。可以看出是‘Biobase’这个包有问题。重新安装此包后，再一次安装‘DESeq2’，安装成功。 library('DESeq2')出现下面问题： 缺少GenomeInfoDb包，继续安装 'GenomeInfoDbData'这个包一直能完整下载，但 阅读全文
posted @ 2017-12-06 14:44 ZzzzHong 阅读(14090) 评论(1) 推荐(1)