Circos在Mac上的安装

Circos在Mac上的安装

由于课题组的项目需要用到Circos画图，我鼓捣的时候踩了很多坑，特此总结以助后来者。

Circos是用于可视化数据和信息的软件包。它以圆形布局可视化数据，这使Circos非常适合探索对象或位置之间的关系。
Circos是创建出版物质量的图表和插图的理想选择，这些图表和插图具有较高的数据墨比，丰富的分层数据和令人愉悦的对称性。使用者可以很好地控制图中的每个元素，以针对自己的受众量身定制其重点和细节。

Circos官网

Circos软件是使用Perl语言编写，采用GPL许可，可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统（如 Windows, Mac OS X, Linux 及其他类UNIX系统）的免费软件。它可以轻易地根据纯文本的配置文件，将用户的输入数据转化为像素图片(PNG)或矢量图片(SVG)。

1 正确的安装步骤

1. 在终端输入perl -version确认是否安装了Perl（一般MacOS自带）。
2. 到官网下载页面下载安装包，最新版是circos-0.69-9.tgz。下载后移动并解压到~/software/circos/（官网推荐位置）

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-9.tgz
mkdir -p ~/software/circos
mv ./circos-0.69-9.tgz ~/software/circos
cd ~/software/circos
tar xvfz circos-0.69-9.tgz

3. 配置 PATH

ln -s circos-0.69-9 current

如果Shell用的是bash，添加export PATH="~/software/circos/current/bin":$PATH到~/.bash_profile并执行 source ~/.bash_profile。
如果Shell用的是zsh，添加export PATH="~/software/circos/current/bin":$PATH到~/.zshrc并执行source ~/.zshrc。

4. 安装依赖库

使用Homebrew进行包管理，如未安装，参考《Homebrew国内如何自动安装（国内地址）》。
安装依赖库：libpng、libjpeg、freetype、libgd

brew install libpng
brew install libjpeg
brew install freetype
brew install libgd

5. 检查并安装Perl依赖模块

首先检查有哪些Circos的Perl依赖模块未安装

circos -modules

示例输出：

$ circos -modules
## ok       1.29 Carp
## ok       0.36 Clone
## missing            Config::General
## ok       3.62 Cwd
## ok      2.154 Data::Dumper
## ok       2.52 Digest::MD5
## ok       2.84 File::Basename
## ok       3.62 File::Spec::Functions
## ok     0.2304 File::Temp
## ok       1.51 FindBin
## missing            Font::TTF::Font
## ok            GD
## missing            GD::Polyline
## ok       2.39 Getopt::Long
## ok       1.16 IO::File
## ok       0.33 List::MoreUtils
## ok       1.38 List::Util
## missing            Math::Bezier
## ...

随后使用cpan命令安装缺失的模块
示例：

$ sudo cpan
cpan[1]> install Config::General
cpan[2]> install Font::TTF::Font
cpan[3]> install Math::Bezier
cpan[4]> install Math::VecStat
cpan[5]> install Readonly
cpan[6]> install SVG
cpan[7]> install Set::IntSpan
cpan[8]> install Statistics::Basic
cpan[9]> install Text::Format
...
cpan[*]> exit

6. 测试是否安装成功

使用Circos自带的实例来测试

cd ~/software/circos/current/example
./run
open circos.png

如果弹出下图，说明成功安装！恭喜👏

2 踩过的坑

虽然官网有完备的安装教程，但是由于缺乏维护更新，里面所使用的Homebrew安装方法已经不能使用，是一个BrokenTool，望周知。

PS：发现一个Circos的在线画图网站（链接）

重要参考资料

MAC OSX 安装 Color summarizer 与 Circos