摘要：
最近一篇NG中使用到的软件，用来去除冗余的contigs，现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件，其主要的特定就是快！（ps：不是所有快的都是好的） 其去除冗余序列的大概思路就是： 首先对所有序列长度进行排序，从最长的开始，形成一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果下一条序列和代表的序 阅读全文
posted @ 2021-01-22 15:02
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摘要：
NECAT 可用于ONT数据的纠错，组装，如果想对ONT long reads进行call SV，也可以使用necatsv. githup网址：https://github.com/xiaochuanle/NECAT/blob/master/README.md 安装 两种方法： 第一种方法 wget 阅读全文
posted @ 2021-01-22 14:53
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摘要：
NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。组装后，每个碱基正确率为98-99.8%， 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体详情可阅读gi 阅读全文
posted @ 2021-01-22 14:52
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