斩毛毛

摘要： 当我们进行群体遗传分析时，得到vcf后，可利用plink进行主成分（PCA）分析； 一、软件安装 1 conda install plink 二、使用流程 第一步：将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out 阅读全文

摘要： 本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质量信息（测序深度，回帖质量等）对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling，那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS 阅读全文