扩增子数据分析工具安装

一、配置conda环境（进入cutadapt环境）

conda activate cutadapt

不会安装conda和用conda安装cutadapt可以参考一下我前两篇随笔：

https://www.cnblogs.com/zengy-bioinfostudy/p/14914828.html

https://www.cnblogs.com/zengy-bioinfostudy/p/14929008.html

或者其它博客或者直接找官网文档。

二、安装blast工具

进入ncbi下载blast本地工具的下载站：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

选择linux版本的.tar.gz文件，下载到本地，然后用xftp或其它你喜欢用的工具上传到你的服务器上

 

 

 进入linux服务器，cd到你上传文件的目录

给文件加个可执行权限，然后tar解压

sudo chmod +x ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

 

把安装目录添加进$PATH下：

vim ~/.bashrc

在最后一行添加：

export PATH=/解压后的文件夹的路径/ncbi-blast-2.11.0+/bin:$PATH 

我这里是放在了自己家目录下，毕竟我用的不是root用户安装的（狗头）

 

检查blast命令是否正常：

命令行键入blast，如果弹出如下界面，说明工作正常：

 

 详细使用说明可以参考这位大佬的知乎：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/141644734

三、安装biom工具

刘永鑫老师我觉得是讲的很详细了，这里我就不再赘述了：

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84678543

 

四、获取vsearch工具

其实这个应该用官方给的方法安装的，但是我的系统老是在make的时候出错，找了半天找不到解决方法，于是就直接用了可执行文件，安装的方法请参考官方github网站：

https://github.com/torognes/vsearch

我的获取方法是在github的发行版本那下载对应版本的可执行文件然后上传到服务器上，最后添加进$PATH下（添加方法上面安装blast的时候有提到，这里不提了）

https://github.com/torognes/vsearch/releases

 

OK，到这里，所有我们需要的工具就全部安装完成了！！芜湖！！！

 

 

接下来，就可以愉快的开始分析扩增子数据喽！！！（虽然我还没学会各个工具的使用方法）