摘要：1 Rle（Run Length Encoding，行程编码） 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大，但染色体数量很少，如果每条序列的染色体定位都显式标注，将会产生大量的重复信息，更糟糕的是它们要占用大量的内存。BioC的IRanges包为这些数据提供了 阅读全文

摘要：我们在做人类全基因组分析的时候，经常需要找出基因组中所有基因的转录起始位点（Transcription Start Site, TSS），利用R/Bioconductor很容易做到。 用到一个包 Homo.sapiens，其中包含了目前已知的所有基因的注释信息，当然还有其他的包也含有所有基因的注释信 阅读全文

摘要：GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已，还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体（DNA序列）。而这个GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位 阅读全文

摘要：samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然 阅读全文

摘要：使用cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料 cBio Cancer Genomics Portal简介 cBio Cancer Genomics Portal所需设备 cBio Cancer Genomics Portal使用方法 cBio Cancer G 阅读全文