摘要:介绍 因为使用conda下载数据有时候因为网络问题下载非常慢,因此我把conda的环境备份好,到时可以直接使用conda的conda create -n 新环境名字 –clone 环境的路径 , 直接把路径下原有的环境克隆到新环境中。 说明 要求Anaconda3 要求python版本3.6 里面主 阅读全文
posted @ 2020-09-17 17:07 ywliao 阅读(82) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:介绍 Sushi包能绘制多种常见的基因组格式的图,包括bed, bedpe, bedgraph,Hic矩阵,也能绘制Manhattan图,基因结构图。 代码讲解 这次为了方便查找,我将他们分到了不同文章里面,每篇文章的封面就是对应的效果图。 bedgraph http://54.189.29.251 阅读全文
posted @ 2020-09-14 11:06 ywliao 阅读(89) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://aws.amazon.com/cn/?nc2=h_lg 登录控制台,需要注册账号,需要信用卡, 会扣掉一点手续费,我扣了六块多,不到半个小时邮箱会收到邮件通知成功 成功了之后就可以登陆控制台了,我们直接使用他们的lightsail,里面有配制好的wordpress,直接就能使用。教程 阅读全文
posted @ 2020-08-15 10:06 ywliao 阅读(91) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep = "\t", header = T) 阅读全文
posted @ 2020-06-23 21:13 ywliao 阅读(886) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:背景 因为annovar默认的脚本下载数据库,总是中断,所以我选择用wget 下载 方法 比如想下载hg19_gwava数据,那么需要下载原始txt数据和idx文件,路径如下 http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg19_gwava. 阅读全文
posted @ 2020-04-24 12:30 ywliao 阅读(135) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:介绍 定性资料比如等级,毒性,应答等,可以以具有分级的因子的形式表示,比如(+ ++, +++),分别对应因子的1,2,3种水平,这样不同组样本只要看这些数据的等级的排列是否一致就可以判断这两个群体的分布是否有差异(秩和检验)。 数据 比如数据如下 我们这里想要知道A、B处理毒性是否有差异 代码 l 阅读全文
posted @ 2020-03-24 11:19 ywliao 阅读(656) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处 这里我们跟Cufflinks的原理一致,使用总的外显子长度,并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件 包的安装 依赖data.table, IRanges,rtracklayer 代码 结果文件 1. 基因长度文件 链接:ht 阅读全文
posted @ 2020-03-19 10:27 ywliao 阅读(644) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:主要是因为编码方式的问题,windows中文格式一般为gbk,而linux的读入的格式为UTF 8,因此windows下的中文到Linux下为乱码,或者Linux下的中文到windows下乱码 在windows下可以用记事本的另存为改变编码方式将UTF 8改为gbk linux 下可以用iconv命 阅读全文
posted @ 2020-03-13 15:20 ywliao 阅读(450) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:使用AI软件,直接从文献的pdf文件中获得颜色16进制色。如下 "3B99D4", "8ED14B", "F06B49","ECC2F1", "82C7C3", "19413E","1776EB", "F5B2AC", "533085","89363A","19413E", "D92B45", "6 阅读全文
posted @ 2020-03-10 11:21 ywliao 阅读(349) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这里我们使用grid对ggplot的画图对象进行布局 参考资料 ClonEvol: clonal ordering and visualization in cancer sequencing文献里面CloneEvol包里面boxplot.r函数 阅读全文
posted @ 2020-03-05 11:05 ywliao 阅读(1110) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:前言 处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出 阅读全文
posted @ 2020-02-29 11:50 ywliao 阅读(772) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:找到对应的代码如下 .compute.unnormalized.roc.curve function (predictions, labels) { pos.label 阅读全文
posted @ 2019-07-24 16:33 ywliao 阅读(654) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:&emsp;&emsp;今天参照网上教程在服务器安装并配置了tinyproxy反向代理,此次安装反向代理的目的主要是通过内网连接上服务器,再使用服务器作为中转站进行上网。安装并启动的主要步骤如下 1. 下载并安装tinyproxy,参考https://www.cnblogs.com/Cherry L 阅读全文
posted @ 2019-05-18 13:28 ywliao 阅读(1513) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:&emsp;&emsp;如果两个电脑连接同一个tmux,但是他们各自的显示器大小不同,那么就会在一个显示器部分会显示灰色区。在tmux里面有个设置可以更改,在tmux里面输入命令 &emsp;&emsp;再重新连接进去就可以 阅读全文
posted @ 2019-05-11 15:55 ywliao 阅读(782) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1. 分子生物学中英文.csv,输入文件,两列,以tab键分隔的txt文本,没有列名 2. 错误的名解.csv, 如果在测试中拼写错误,会写出到这个文件,可用这个容易犯错的名词进行新的测试 3. 注意加载data.table包,因为R语言readline函数,使用脚本不能很好交互,暂时只能在R交互模 阅读全文
posted @ 2019-03-08 21:00 ywliao 阅读(358) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:思路 &emsp;&emsp;grid的画图函数都含有just,但是just参数的是怎么调节图形位置的总是让人非常费解,于是便写了代码来一探究竟。 &emsp;&emsp;思路非常简单:放一个2 2的布局viewport,每个布局里面放一个viewport,每个viewport都用了不同的just参 阅读全文
posted @ 2018-08-30 19:37 ywliao 阅读(956) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:R语言类 R语言的类有S3类和S4类,S3类用的比较广,创建简单粗糙但是灵活,而S4类比较精细,具有跟C++一样严格的结构。这里我们主要讲S3类。 S3类的结构 S3类内部是一个list,append某个list类名称,就能成为该类。list里面的内容就是我们所说的属性. 首先创建一个list 获得 阅读全文
posted @ 2018-07-10 22:11 ywliao 阅读(863) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:```{R} .all_aesthetics ", values, "\n") cat(bullets, sep = "") } Rename American or old style aesthetics name rename_aes 阅读全文
posted @ 2018-07-04 21:30 ywliao 阅读(1008) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:免疫检验点 &emsp;&emsp;免疫检验点是指免疫系统中的许多抑制途径, 其用于维持自我耐受并调节组织中的生理免疫反应以限制或避免附随的组织损伤。其中跟癌症免疫治疗相关的研究最广泛的两个检验点是CTLA4 (细胞毒性T淋巴细胞相关抗原) 和PD1(程序性细胞死亡蛋白1). 肿瘤的免疫逃逸 &em 阅读全文
posted @ 2018-07-04 21:20 ywliao 阅读(286) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:fread中nThread 参数的使用 &emsp;&emsp;注意默认nThread=getDTthreads(),即使用所有能用的核心,但并不是核心用的越多越好,本人亲自测试的情况下,其实单核具有较强的性能,只有在数据大于3Gb的情况下,开启11核(我的机器全部核心30多核)效率才比一个核心更高 阅读全文
posted @ 2018-06-06 19:15 ywliao 阅读(811) 评论(0) 推荐(1) 编辑