摘要：
virids调色板 安装和加载，及测试代码 热图调色 R seed(1234) matrix 阅读全文
posted @ 2019-09-11 09:53
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该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2019-09-10 10:56
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摘要：
判断字典中是否存在某个键 python3 中采用 in 方法 python 3中不支持 has_key()，python2 中支持 遍历字典 1.遍历key值 在使用上，for key in a和 for key in a.keys():完全等价。 2.遍历value值 3.遍历字典项 4.遍历字典 阅读全文
posted @ 2019-09-10 10:24
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摘要：
在使用clusterProfiler包时，CGC的部分ID被和谐了 CGC中723个基因通过 的`bitr`函数转换后，有15个基因无法匹配到对应的EntrezID。我通过与genecard比较，找出了作妖的原因。 究竟是什么原因呢？ ID不对！CGC提供的id不是标准的ID，无法通过 索引到相应的 阅读全文
posted @ 2019-09-04 22:28
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amp.gene是一个数据框，其中某些元素包含 ，我想把这些 替换成空字符，做法如下： R amp.genes[is.na(amp.genes)] 阅读全文
posted @ 2019-09-04 10:30
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将原先包含 的字符替换成 : R segment$Sample 阅读全文
posted @ 2019-09-03 15:24
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摘要：
在vcf2maf中，对splice_site 和 splice_region都做了明确的说明。 splice_region Splice_region: 变异发生在splice site区域内或者外显子的1 3碱基处或者内含子的3 8碱基处 Splice_Site Splice_Site 又细分到 阅读全文
posted @ 2019-09-03 10:22
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摘要：
R + AI + PS 是我生成文章Figure的一般流程。注意事项最多的应该在R生成原始图的步骤。 R保存原始图 保存成pdf图时，我更倾向于使用ggsave，因为它保存的图看上去更加协调。 也可以直接通过 函数保存，不过默认背景是透明的，但很多杂志要求背景白色，做法是 在将ggplot2生成的图 阅读全文
posted @ 2019-09-02 15:01
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摘要：
CGC，简单理解癌症基因调查。最早由sanger研究所发表于《Nature Reviews Cancers》,doi:10.1038/nrc1299 文章Summary: 第四条很有意思，已知癌症基因最常见的突变类型是由于染色体易位产生嵌合基因或者将一个基因的调控元件贴到其他基因上。也就是说，结构变 阅读全文
posted @ 2019-08-29 10:50
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案例是这样的：我用root账号在linux环境下用git拉了一个软件。此软件需要python及相应库的支持。为了避免污染系统环境下的库目录，所运行的python环境是通过建立虚拟python环境实现的。问题是，虚拟python环境是我的个人账户权限建立，而git拉的软件源码是root用户权限。怎么解 阅读全文
posted @ 2019-08-28 08:52
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