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2019年10月12日
R绘图导入ppt
摘要: 转自:https://guangchuangyu.github.io/cn/2019/04/export office/ 在PPT中编辑你的图 这里我们需要一个神器export包,安装很简单,因为在CRAN上。 举个例子,下面这个图,用lattice画出来: 有了export包的助攻之后,我们只需要
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posted @ 2019-10-12 13:41 yuwq
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2019年9月27日
要掌握的技巧和知识技能[持续更新]
摘要: 计算机基础: awk: https://zhuanlan.zhihu.com/p/63107708 https://zhuanlan.zhihu.com/p/62382028 python绘图: https://zhuanlan.zhihu.com/p/53308606 R绘图: https://z
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posted @ 2019-09-27 14:43 yuwq
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2019年9月26日
计算panel的靶向区段长度
摘要: 先留坑,再补
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posted @ 2019-09-26 11:04 yuwq
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interval的排序,合并,取样等功能
摘要: 内容转自:https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php gatk IntervalListTools中合并的picard Interv
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posted @ 2019-09-26 10:49 yuwq
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Bait 和 target的区别
摘要: 转自:https://www.biostars.org/p/318576/
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posted @ 2019-09-26 10:37 yuwq
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2019年9月23日
R 数据拆分到列
摘要: 转自:https://mp.weixin.qq.com/s/tuEuAJr3MJ M5BFr70CJbA 提问:根据第二列分号中的分隔符进行拆分后变成4列
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posted @ 2019-09-23 08:45 yuwq
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2019年9月20日
制作annovar注释依赖的cosmic数据库
摘要: 1. 文件准备 COSMIC相关文件下载 COSMIC更新了下载规则。以前直接用ftp可以下载,现在麻烦一些,要根据它们提供的指导规则下载。 以 的下载为例: 获得授权字符 获得下载链接 下载数据 从上一步返回的JSON中提取下载链接并直接下载 2. 数据处理
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posted @ 2019-09-20 10:13 yuwq
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2019年9月19日
NIPT检测流程
摘要: 转自:https://pzweuj.github.io/2019/03/20/NIPT.html NIPT即非侵入性产前检测,适用于检测21、18、13号染色体的三体综合征。实际上,NIPT的分析流程与CNV的分析流程相似。主要的分析流程是先得到唯一比对的reads,再提取每条染色体的reads来做
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posted @ 2019-09-19 15:05 yuwq
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把clinvar转换为annovar的格式
摘要: 基于python自提 转自:https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89399533 下载最新的数据库:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/ annovar是注释用的比较多的软件,
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posted @ 2019-09-19 14:24 yuwq
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2019年9月17日
制作适用于annovar的COSMIC数据库
摘要: 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102y76d.html 由于COSMIC数据库的原因,最后版本的annovar停更到v77版本,截止本文时间已经是V88版本。 annovar官方给出了更新方法,之前COSMIC只有编码区域的变异注释文件,现在又
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posted @ 2019-09-17 16:25 yuwq
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