笔记 4 JM's FSL for task fMRI

Contents

p2 QA #1_ Check your newly created NIfTI files

p3 Brain extraction & QA

p14 Run your level 2 analyses (when you have 3 levels)

 p16 group analysis

p17 group analysis QA

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p2 QA #1_ Check your newly created NIfTI files

1. 被试数据的层级结构

subjects(?)/subXXX/

　　/BOLD/

　　　　/QA

　　　　/taskXXX_runXXX/bold.nii.gz

　　/anatomy

　　/behav

　　/model/modelXXX/onsets/taskXXX_runXXX/conXXX.txt (change according to personal preference)

 

 （https://www.bilibili.com/video/av61429264?p=2，04:40, 08:02, 08:55）

 

2. 同上图，一个run里用不同的txt文件来设置不同条件/刺激/对比（contrasts）

 

3. 开始处理前需检查的几点

（https://www.bilibili.com/video/av61429264?p=2，18:12）

 

　　*[0-9] to list all numbers @ this position. i.e., ls cond00[0-9].txt to list  cond001.txt cond002.txt cond003.txt ... cond009.txt, if any of them exist.

　　**dim4 listed with fslinfo represents # of volumes

　　***fslview T1.nii.gz works well to show orientation labels (exactly resemble the following pic)

 (https://www.bilibili.com/video/av61429264?p=2, 16:01)

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 p3 

1. 对结构像去掉亮部，尤其是眼球和头盖骨（skull）

 

2. （https://www.bilibili.com/video/av61429264?p=3, 5:14）

 

 -R??

-g !! seems good to use

 

3. freesurfer 剥脑壳更好（12:00）

 

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p14 level 2 analysis

1. 分fsf对每个被试的三个run做平均（为什么不把所有被试放进一个fsf，有什么差别？）

2.  10:48 对paired的一种设置方式

 

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 p16 group analysis

1.  do flame1 only at this level and do thresholding like this

 

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 p17 group analysis QA

1. thresh_zstat1.nii.gz是经过多重比较校正的文件，stat文件夹里的zstat是未经过校正的（fsleyes时最小值填2）

 

 

 2. flip through func_filtered_data to check for dependent variable

 

 

 

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tbc