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blast原理

摘要： blast的原理就是将想要明确注释的sequence（这个sequence就是query）先打断，即一条sequence变成多条sub-sequence（sub-sequence也就是word），然后拿这些sub-sequence与数据库中的序列比较（数据库中的序列是已经注释过的），然后将这些wor 阅读全文

posted @ 2020-03-08 16:09 YUANya 阅读(2458) 评论(0) 推荐(0)

Masked genomes/sequence

摘要： Masked genomes/sequence refer to genomic sequence that has been scanned for some type of internal sequence and then has those sequences converted to " 阅读全文

posted @ 2020-03-06 16:08 YUANya 阅读(194) 评论(0) 推荐(0)

HSP

摘要： HSP是高分片段阅读全文

posted @ 2020-03-06 14:01 YUANya 阅读(342) 评论(0) 推荐(0)

gapped alignment

摘要： gapped alignment是考虑insertion和deletion情况的alignment 阅读全文

posted @ 2020-03-06 13:50 YUANya 阅读(248) 评论(0) 推荐(0)

genBlastA

摘要： BLAST is an extensively used local similarity search tool for identifying homologous sequences. When a gene sequence (either protein sequence or nucle 阅读全文

posted @ 2020-03-06 13:42 YUANya 阅读(997) 评论(2) 推荐(0)

用blastall进行序列比对

摘要：用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值阅读全文

posted @ 2020-03-06 10:38 YUANya 阅读(1353) 评论(0) 推荐(0)

formatdb

摘要： -i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional -p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库 T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T -a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA） T - True, F 阅读全文

posted @ 2020-03-06 09:58 YUANya 阅读(184) 评论(0) 推荐(0)

download文件转为可执行格式

摘要： chmod 755 software_name 阅读全文

posted @ 2020-03-05 19:41 YUANya 阅读(243) 评论(0) 推荐(0)

if (-f $Db_file.".nhr")

摘要： -f运算符测试其操作数是否是常规文件，而不是目录，符号链接或其他特殊文件。所有以-开头的运算符都称为文件测试运算符，通常也可以在shell脚本语言中找到。它们是一元运算符（仅占一个操作数），如!或~是一元运算符。 -e 该“文件名”是否存在-f 该“文件名”是否为文件-d 该“文件名”是否为目录- 阅读全文

posted @ 2020-03-05 18:24 YUANya 阅读(245) 评论(0) 推荐(0)

翻译my $Queue_para=(defined $Queue)?"-queue $Queue":'';

摘要： #!/usr/bin/perl my $Queue_para=(defined $Queue)?"-queue $Queue":''; my $Q="";my $Q1;if (defined $Q){ $Q1="-queue $Q"; print "$Q1\n";}else{ $Q1="\n"; p 阅读全文

posted @ 2020-03-05 16:24 YUANya 阅读(135) 评论(0) 推荐(0)

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