摘要：
做RNA-seq分析时常用到count和TPM/FPKM的转变问题，请见博客：https://www.jianshu.com/p/f0a4ba58fb6d 阅读全文
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方法1 awk'{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}'fastq>fasta方法2： awk'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)... 阅读全文
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bam（sam）格式文件转化为fasta格式bam2fasta的转变方式：samtools view SL3003_SL3004_100122-hg18.bam | \awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > SL3003.fastasam2fasta的转变方... 阅读全文
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vi 文件名 #编辑方式查看，可修改cat 文件名 #显示全部文件内容more 文件名 #分页显示文件内容tail 文件名 #仅查看尾部，还可以指定行数head 文件名 #仅查看头部,还可以指定行数sed '1,$'p 文件名 #这个可以指定起始行和结束行的，把1和$换了就可以awk .......... 阅读全文
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如果要查看磁盘还剩多少空间，用df命令: [root@localhost ~]# df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 /dev/sda2 14G 11G 2.6G 82% / /dev/sda1 99M 14M 81M 14% /boot tmpfs 442M 275M... 阅读全文
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Linux压缩保留源文件的方法：gzip –c filename > filename.gzLinux解压缩保留源文件的方法：gunzip –c filename.gz > filenamegunzip的用法1.作用gunzip命令作用是解压文件，使用权限是所有用户。2.格式gunzip [-acf... 阅读全文
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比Windows上配置更难，注意GF版本对R的要求。也要先配置Bioconductor，再安装RCurl和XML两个包然后再安装GF。 阅读全文
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今天配置了一天，感觉R语言的开源包对64位的支持不好，有的包只能在32位适用。另外，install.packages命令对很多包无效，必须要用Bioconductor资源配置才行，而Bioc资源链接不稳定，时而可以，时而不行。总算配置好了，进入数据分析阶段。 阅读全文
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这个软件包直接安装的话老提示不适用现在的版本，用Bioconductor环境进行安装可以实现。当然先装好bioconductor package，再运行：source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("GenomicFeatures") 阅读全文
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Windows上升级R：install.packages("installr")require("installr")updateR() 阅读全文